PDB-2mif: Solution structure of the CLAVATA-like encoded peptide of Meloido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mif

タイトル

Solution structure of the CLAVATA-like encoded peptide of Meloidogyne hapla - MhCLE4

要素

CLAVATA-like encoded peptide of Meloidogyne hapla - MhCLE4

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / CLE / CLAVATA

生物種

Meloidogyne hapla (きたねこぶせんちゅう)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Bobay, B.G. / DiGennaro, P.M. / Bird, D.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Inferring function of CLE peptides from high resolution tertiary structures
著者: DiGennaro, P.M. / Bobay, B.G. / Bird, D.M.

履歴

登録	2013年12月13日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mif.cif.gz	33.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mif.ent.gz	22.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mif_validation.pdf.gz	419.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mif_full_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示
XML形式データ	2mif_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	2mif_validation.cif.gz	8.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2midC 2mieC 2migC 2mihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n0d-d 2mie-d 7css-d 7bz8-d 1dg2-d 7bza-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 19677

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CLAVATA-like encoded peptide of Meloidogyne hapla - MhCLE4

1.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	CLAVATA-like encoded peptide of Meloidogyne hapla - MhCLE4 分子量: 1222.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Meloidogyne hapla (きたねこぶせんちゅう)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 4 mg/mL peptide, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
4 mg/mL	entity-1	1
137 mM	sodium chloride-2	1
2.7 mM	potassium chloride-3	1
10 mM	sodium phosphate-4	1
1.8 mM	potassium phosphate-5	1

試料状態

イオン強度: 140 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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