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万見
- PDB-2mi0: NMR structure of the I-V kissing-loop interaction of the Neurospo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mi0
タイトルNMR structure of the I-V kissing-loop interaction of the Neurospora VS ribozyme
要素
  • 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / Neurospora VS ribozyme / kissing-loop interaction / substrate recognition / U-turn / NMR structural studies
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Neurospora (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Bouchard, P. / Legault, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the neurospora varkud satellite ribozyme: importance of u-turns at the kissing-loop junction.
著者: Bouchard, P. / Legault, P.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7702
ポリマ－13,7702
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'


分子量: 7049.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Neurospora (菌類)
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 6721.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Neurospora (菌類)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC NH2 only
1432D 1H-15N HSQC NH2 only
1512D 1H-15N NHH COSY
1632D 1H-15N NHH COSY
1772D 1H-15N HMQC J=21Hz
1882D 1H-15N HMQC J=21Hz
2912D 1H-15N CPMG NOESY
21032D 1H-15N CPMG NOESY
11132D 1H-1H flip-back WATERGATE NOESY
11213D 15N-edited NOESY-HSQC
11333D 15N-edited NOESY-HSQC
11422D 1H-13C CT-HSQC
11542D 1H-13C CT-HSQC
11652D 1H-13C CT-HSQC
11762D 1H-13C CT-HSQC
11893D 15N/13C-edited NOESY-HSQC
119103D 15N/13C-edited NOESY-HSQC
12023D 13C-edited HMQC-NOESY
12143D 13C-edited HMQC-NOESY
12253D 13C-edited HMQC-NOESY
12363D 13C-edited HMQC-NOESY
12423D (H)CCH-COSY
12543D (H)CCH-COSY
12663D (H)CCH-COSY
12711D 15N-decoupled 1H WATERGATE
12831D 15N-decoupled 1H WATERGATE
12911D 15N-filtered 1H WATERGATE
13031D 15N-filtered 1H WATERGATE
13111D 15N-edited 1H WATERGATE
13231D 15N-edited 1H WATERGATE
133112D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3-2.2 mM 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.3-2.2 mM [U-15N] 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.5 mM [U-13C; U-15N] 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 100% D2O100% D2O
31.4 mM [U-15N] 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.4 mM 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.7 mM [U-13C; U-15N] 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.7 mM 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 100% D2O100% D2O
51.4 mM [U-13C; U-15N]-Gua 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.4 mM 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 100% D2O100% D2O
61.4 mM [U-13C; U-15N]-Gua 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.4 mM 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 100% D2O100% D2O
71.4 mM [U-15N] 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.4 mM 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 100% D2O100% D2O
81.3 mM 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.3 mM [U-15N] 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 100% D2O100% D2O
91.7 mM [U-13C; U-15N] 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.7 mM 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
101.5 mM 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 1.5 mM [U-13C; U-15N] 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
110.2-0.3 mM [U-15N] 5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3', 0.2-0.3 mM [U-15N] 5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3', 10 mM [U-2H] Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 mM sodium azide, 5 mM magnesium chloride, 14.6-20.5 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-11.3-2.21
mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-2[U-15N]1.3-2.21
10 mMTris-3[U-2H]1
50 mMsodium chloride-41
0.05 mMsodium azide-51
5 mMmagnesium chloride-61
1.5 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-72
1.5 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-8[U-13C; U-15N]2
10 mMTris-9[U-2H]2
50 mMsodium chloride-102
0.05 mMsodium azide-112
5 mMmagnesium chloride-122
1.4 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-13[U-15N]3
1.4 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-143
10 mMTris-15[U-2H]3
50 mMsodium chloride-163
0.05 mMsodium azide-173
5 mMmagnesium chloride-183
1.7 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-19[U-13C; U-15N]4
1.7 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-204
10 mMTris-21[U-2H]4
50 mMsodium chloride-224
0.05 mMsodium azide-234
5 mMmagnesium chloride-244
1.4 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-25[U-13C; U-15N]-Gua5
1.4 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-265
10 mMTris-27[U-2H]5
50 mMsodium chloride-285
0.05 mMsodium azide-295
5 mMmagnesium chloride-305
1.4 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-31[U-13C; U-15N]-Gua6
1.4 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-326
10 mMTris-33[U-2H]6
50 mMsodium chloride-346
0.05 mMsodium azide-356
5 mMmagnesium chloride-366
1.4 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-37[U-15N]7
1.4 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-387
10 mMTris-39[U-2H]7
50 mMsodium chloride-407
0.05 mMsodium azide-417
5 mMmagnesium chloride-427
1.3 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-438
1.3 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-44[U-15N]8
10 mMTris-45[U-2H]8
50 mMsodium chloride-468
0.05 mMsodium azide-478
5 mMmagnesium chloride-488
1.7 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-49[U-13C; U-15N]9
1.7 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-509
10 mMTris-51[U-2H]9
50 mMsodium chloride-529
0.05 mMsodium azide-539
5 mMmagnesium chloride-549
1.5 mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-5510
1.5 mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-56[U-13C; U-15N]10
10 mMTris-57[U-2H]10
50 mMsodium chloride-5810
0.05 mMsodium azide-5910
5 mMmagnesium chloride-6010
mM5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*A)-3'-61[U-15N]0.2-0.311
mM5'-R(*GP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*UP*GP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*GP*C)-3'-62[U-15N]0.2-0.311
10 mMTris-63[U-2H]11
50 mMsodium chloride-6411
0.05 mMsodium azide-6511
5 mMmagnesium chloride-6611
mg/mLPf1 phage-6714.6-20.511
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM NaCl, 5 mM MgCl2 7ambient 298 K
250 mM NaCl, 5 mM MgCl2 7ambient 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
PyMOLSchrodingerstructure analysis
PyMOLSchrodingerstructure display
CCPNMR_suiteCCPNchemical shift assignment
CCPNMR_suiteCCPNデータ解析
CCPNMR_suiteCCPNpeak picking
Curves+(CURVES) Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J.H., Petkeviciute, D. and Zakrzewska, K.structure analysis
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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