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万見
- PDB-2mhq: Solution structure of the major factor VIII binding region on von... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mhq
タイトルSolution structure of the major factor VIII binding region on von Willebrand factor
要素von Willebrand factor
キーワードBLOOD CLOTTING / von Willebrand factor / factor VIII / ensemble refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / : / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / von Willebrand factor type C domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsNot applicable, model1
データ登録者Shiltagh, N. / Kirkpatrick, J. / Cabrita, L.D. / McKinnon, T.A.J. / Thalassinos, K. / Tuddenham, E.G.D. / Hansen, D.F.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2014
タイトル: Solution structure of the major factor VIII binding region on von Willebrand factor.
著者: Shiltagh, N. / Kirkpatrick, J. / Cabrita, L.D. / McKinnon, T.A. / Thalassinos, K. / Tuddenham, E.G. / Hansen, D.F.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Willebrand factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3511
ポリマ－11,3511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1not applicable

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要素

#1: タンパク質 von Willebrand factor / vWF / von Willebrand antigen 2 / von Willebrand antigen II


分子量: 11351.278 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains TIL' and E', UNP residues 766-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF, F8VWF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): Shuffle / 参照: UniProt: P04275
Has protein modificationY
配列の詳細Q91R (UNP RESIDUE 852) IS NATURAL VARIANT ACCORDING TO DATABASE P04275 (VWF_HUMAN), UNIPROTKB/SWISS-PROT.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D 15N HSQC-NOESY-15N HSQC
1613D HN(CACO)NH
1713D (H)CC(CO)NH
1813D H(CCCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11022D constant-time 1H-13C HSQC
11113D 1H-15N NOESY
11243D 1H-13C NOESY
1133{1H}15N steady-state NOE
114315N R1rho relaxation
115315N R1 relaxation
116515N R2-CPMG relaxation dispersion
117515N R2-CPMG relaxation dispersion
11862D IPAP-15N HSQC
11972D IPAP-15N HSQC
12082D IPAP-15N HSQC
12162D IPAP-E.COSY-15N HSQC
12282D IPAP-E.COSY-15N HSQC
12363D IPAP-HNCO(J-CA)
12483D IPAP-HNCO(J-CA)
12563D HN(CO)CA(J-CB)
12683D HN(CO)CA(J-CB)
12763D IPAP-(HA)CA(CO)NH
12883D IPAP-(HA)CA(CO)NH
12912D 1H-15N HSQC
13012D 1H-13C HSQC
13112D constant-time 1H-13C HSQC
13242D 1H-13C HSQC
13342D constant-time 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 mM [U-13C; U-15N] VWF TIL'E'-1, 20 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2300 mM [U-10% 13C] VWF TIL'E'-4, 20 mM sodium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3300 mM [U-15N] VWF TIL'E'-7, 20 mM sodium phosphate-8, 100 mM sodium chloride-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4300 mM [U-13C; U-15N] VWF TIL'E'-10, 20 mM sodium phosphate-11, 100 mM sodium chloride-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
5300 mM [U-15N] VWF TIL'E'-13, 20 mM sodium phosphate-14, 100 mM sodium chloride-15, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
6300 mM [U-13C; U-15N] VWF TIL'E'-16, 20 mM sodium phosphate-17, 100 mM sodium chloride-18, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
7300 mM [U-13C; U-15N] VWF TIL'E'-19, 20 mM sodium phosphate-20, 100 mM sodium chloride-21, 5 mg/mL Pf1 phage-22, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
8300 mM [U-13C; U-15N] VWF TIL'E'-23, 20 mM sodium phosphate-24, 100 mM sodium chloride-25, 2 % w/v pentaethylene glycol dodecyl ether-26, 50 mM n-hexanol-27, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 mMVWF TIL'E'-1[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
300 mMVWF TIL'E'-4[U-10% 13C]2
20 mMsodium phosphate-52
100 mMsodium chloride-62
300 mMVWF TIL'E'-7[U-15N]3
20 mMsodium phosphate-83
100 mMsodium chloride-93
300 mMVWF TIL'E'-10[U-13C; U-15N]4
20 mMsodium phosphate-114
100 mMsodium chloride-124
300 mMVWF TIL'E'-13[U-15N]5
20 mMsodium phosphate-145
100 mMsodium chloride-155
300 mMVWF TIL'E'-16[U-13C; U-15N]6
20 mMsodium phosphate-176
100 mMsodium chloride-186
300 mMVWF TIL'E'-19[U-13C; U-15N]7
20 mMsodium phosphate-207
100 mMsodium chloride-217
5 mg/mLPf1 phage-227
300 mMVWF TIL'E'-23[U-13C; U-15N]8
20 mMsodium phosphate-248
100 mMsodium chloride-258
2 %pentaethylene glycol dodecyl ether-268
50 mMn-hexanol-278
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III5002
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.2DVariancollection
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Xplor-NIH精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Ensemble of 10 replicas was calculated collectively using ensemble-averaged approach (ensemble-refinement).
代表構造選択基準: not applicable
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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