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万見
- PDB-2mho: Solution State Structure PSD-95 PDZ1 with 5HT2C Receptor peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mho
タイトルSolution State Structure PSD-95 PDZ1 with 5HT2C Receptor peptide
要素
  • Disks large homolog 4
  • peptide from 5-hydroxytryptamine receptor 2C
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ / 5-hydroxytryptamine receptor fragment / PSD-95
機能・相同性
機能・相同性情報


Serotonin receptors / regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / RHO GTPases activate CIT / regulation of appetite / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / P2Y1 nucleotide receptor binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity ...Serotonin receptors / regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / RHO GTPases activate CIT / regulation of appetite / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / P2Y1 nucleotide receptor binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / beta-1 adrenergic receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor complex / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / regulation of grooming behavior / structural constituent of postsynaptic density / regulation of nervous system process / synaptic vesicle maturation / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of neuron projection arborization / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / receptor localization to synapse / serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor signaling pathway / sensitization / vocalization behavior / cerebellar mossy fiber / neuron spine / behavioral response to nicotine / AMPA glutamate receptor clustering / neurotransmitter receptor activity / Trafficking of AMPA receptors / protein localization to synapse / dendritic branch / positive regulation of dendrite morphogenesis / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / LGI-ADAM interactions / proximal dendrite / serotonin binding / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / juxtaparanode region of axon / frizzled binding / acetylcholine receptor binding / neuron projection terminus / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / feeding behavior / cellular response to potassium ion / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / G alpha (q) signalling events / positive regulation of synapse assembly / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / cGMP-mediated signaling / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of dopamine metabolic process / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cortical cytoskeleton / positive regulation of vasoconstriction / locomotory exploration behavior / AMPA glutamate receptor complex / kinesin binding / excitatory synapse / social behavior / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / regulation of neuronal synaptic plasticity / animal organ regeneration / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission / D1 dopamine receptor binding / behavioral fear response / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / release of sequestered calcium ion into cytosol / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / positive regulation of calcium-mediated signaling / synaptic membrane / cell periphery / PDZ domain binding / locomotory behavior / neuromuscular junction / establishment of protein localization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cell-cell adhesion / postsynaptic density membrane / cerebral cortex development / kinase binding / intracellular calcium ion homeostasis / synaptic vesicle / cell-cell junction / cell junction
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2C receptor / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / 5-hydroxytryptamine receptor family / : / Guanylate kinase, conserved site ...5-Hydroxytryptamine 2C receptor / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / 5-hydroxytryptamine receptor family / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 2C / Disks large homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model5
データ登録者Dorr, L.A. / Phelan, M.M. / Lian, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Interactions of the 5-Hydroxytryptamine Receptor 2a and 2c Variants with the PSD-MAGUK proteins, PSD-95 and SAP997
著者: Dorr, L.A. / Phelan, M.M. / Lian, L.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 4
B: peptide from 5-hydroxytryptamine receptor 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5982
ポリマ－11,5982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Disks large homolog 4 / Postsynaptic density protein 95 / PSD-95 / Synapse-associated protein 90 / SAP-90 / SAP90


分子量: 10621.968 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ 1, UNP residues 60-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg4, Dlgh4, Psd95 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31016
#2: タンパク質・ペプチド peptide from 5-hydroxytryptamine receptor 2C


分子量: 976.106 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 452-460 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P08909

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CO)CA
1813D HBHA(CO)NH
1913D HBHANH
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11311-D 13C 15N-filtered 1H
11412D 1H-13C HSQC (HB)CB(CGCD)HD
11512D 13C TROSY
11612D 13C-15N F1-filtered NOESY-HSQC
11712D 13C-15N F1-filtered TOCSY
11813D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11913D (H)CCH-TOCSY aromatic
12013D 13C,15 F1-filtered 13C F3-edited NOESY-HSQC aliphatic
12113D 13C,15 F1-filtered 13C F3-edited NOESY-HSQC aromatic
12213D 13C,15 F1-filtered 15N F3-edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 2.5 mM protein_2, 1 mM DTT, 0.01 w/v sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity_1-1[U-13C; U-15N]1
2.5 mMentity_2-21
1 mMDTT-31
0.01 w/vsodium azide-41
20 mMsodium phosphate-51
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CCPN_Analysis2.1CCPNpeak picking
CCPN_Analysis2.1CCPN解析
CCPN_Analysis2.1CCPNデータ解析
CCPN_Analysis2.1CCPNchemical shift assignment
DANGLECheung et al, 2010, Journal of Magnetic Resonance, 202, 2: 223-233dihedral angle calculation
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1 / 詳細: in vacuo, water refinement using RECOORD scripts
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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