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万見
- PDB-2mhk: E. coli LpoA N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mhk
タイトルE. coli LpoA N-terminal domain
要素Penicillin-binding protein activator LpoA
キーワードPROTEIN BINDING / LpoA / TPR-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic side of cell outer membrane / peptidoglycan biosynthetic process / enzyme regulator activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell outer membrane / regulation of cell shape / periplasmic space / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #650 / Penicillin-binding protein activator LpoA / LppC putative lipoprotein / Lytic transglycosylase, superhelical U-shaped / Tetratricopeptide repeat domain / Periplasmic binding protein-like I / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein activator LpoA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jean, N.L. / Bougault, C. / Lodge, A. / Derouaux, A. / Callens, G. / Egan, A. / Lewis, R.J. / Vollmer, W. / Simorre, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Elongated Structure of the Outer-Membrane Activator of Peptidoglycan Synthesis LpoA: Implications for PBP1A Stimulation.
著者: Jean, N.L. / Bougault, C.M. / Lodge, A. / Derouaux, A. / Callens, G. / Egan, A.J. / Ayala, I. / Lewis, R.J. / Vollmer, W. / Simorre, J.P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Backbone and side-chain 1H, 13C, 15N NMR assignment of the N-terminal domain of Escherichia coli LpoA
著者: Jean, N.L. / Bougault, C. / Lodge, A. / Derouaux, A. / Callens, G. / Egan, A. / Lewis, R.J. / Vollmer, W. / Simorre, J.
履歴
登録2013年11月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22014年7月23日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein activator LpoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0461
ポリマ－28,0461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 700structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein activator LpoA / PBP activator LpoA / Lipoprotein activator of PBP from the outer membrane A


分子量: 28046.498 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 28-256) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3147, JW3116, lpoA, yraM / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45464

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Ensemble of 20 NMR structures of E. coli LpoA N-terminal domain after refinement in water
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D HN(COCA)CB
1513D HNCA
1613D HN(CA)CO
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1912D 1H-13C HSQC aliphatic
11013D (H)CCH-TOCSY
11112D 1H-13C HSQC aromatic
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11413D 1H-15N NOESY
11513D methyl 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LpoA_n-ter, 100.0 mM CH3COOH/CH3COONa buffer, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMLpoA_n-ter-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100.0 mMCH3COOH/CH3COONa buffer-21
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian vnmrsVarianvnmrs6001
Varian vnmrsVarianvnmrs8002
Bruker US2BrukerUS29503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.2CCPNデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu, and Ad Baxデータ解析
Unio'102.0.2Torsten Herrmannpeak picking
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 5650 / NOE intraresidue total count: 1826 / NOE long range total count: 1018 / NOE medium range total count: 1225 / NOE sequential total count: 1141 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 213 / Protein psi angle constraints total count: 213
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 700 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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