PDB-2mhj: Solution structure of TpsB4 N-terminal POTRA domain from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mhj

タイトル

Solution structure of TpsB4 N-terminal POTRA domain from Pseudomonas aeruginosa

要素

TpsB4 protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / two partner secreation / TPS / T5SS / biofilm / secretion / protease / POTRA / Omp85

機能・相同性

機能・相同性情報

type V protein secretion system complex / protein secretion by the type V secretion system / protein transmembrane transporter activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Garnett, J.A. / Matthews, S.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structure-function analysis reveals that the Pseudomonas aeruginosa Tps4 two-partner secretion system is involved in CupB5 translocation.
著者: Garnett, J.A. / Muhl, D. / Douse, C.H. / Hui, K. / Busch, A. / Omisore, A. / Yang, Y. / Simpson, P. / Marchant, J. / Waksman, G. / Matthews, S. / Filloux, A.

履歴

登録	2013年11月25日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mhj.cif.gz	324.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mhj.ent.gz	274.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mhj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mhj_validation.pdf.gz	403.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mhj_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	2mhj_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	2mhj_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/2mhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/2mhj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qq3-d 5azx-1 5l2h-2 1ehx-d 4m8v-2 6luo-1 2c9p-2 5jmb-2 2cd5-d 2p32-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19635

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TpsB4 protein

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	TpsB4 protein 分子量: 10764.116 Da / 分子数: 1 / 断片: POTRA domain 1 (UNP residues 55-134) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: PA4540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9HVN7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	2	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	2	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D H(CCO)NH
1	9	2	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	2	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	11	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	1	3D HBHA(CO)NH

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM [U-13C; U-15N] TpsB4, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1 mM [U-13C; U-15N] TpsB4, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	TpsB4-1	[U-13C; U-15N]	1
1 mM	TpsB4-2	[U-13C; U-15N]	2

試料状態

イオン強度: 0.2 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	2.1	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA		Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1818

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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