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万見
- PDB-2mhi: Solution structure of the CR4/5 domain of medaka telomerase RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mhi
タイトルSolution structure of the CR4/5 domain of medaka telomerase RNA
要素Medaka telomerase RNA
キーワードRNA / CR4-CR5 / telomerase RNA / three-way junction / vertebrate / medaka
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kim, N. / Zhang, Q. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure and sequence elements of the CR4/5 domain of medaka telomerase RNA important for telomerase function.
著者: Kim, N.K. / Zhang, Q. / Feigon, J.
履歴
登録2013年11月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Medaka telomerase RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9921
ポリマ－16,9921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 Medaka telomerase RNA


分子量: 16992.027 Da / 分子数: 1 / 断片: CR4/5 domain / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2132D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1342D 1H-13C HSQC
1452D 1H-13C HSQC
1562D 1H-13C HSQC
1672D 1H-13C HSQC
1722D DQF-COSY
1822D 1H-1H COSY
2912D 1H-1H NOESY
11022D 1H-1H NOESY
21192D 1H-1H NOESY
11282D 1H-1H NOESY
11322D 1H-1H TOCSY
11443D (H)CCH-TOCSY
11553D (H)CCH-TOCSY
11663D (H)CCH-TOCSY
11723D (H)CCH-TOCSY
21832D HNN-COSY
11942D 1H-1H filter/edited NOESY
12052D 1H-1H filter/edited NOESY
12162D 1H-1H filter/edited NOESY
12272D 1H-1H filter/edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.2 mM mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-13C; U-15N] mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-13C; U-15N]-Ade mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
51 mM [U-13C; U-15N]-Ura mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
61 mM [U-13C; U-15N]-Gua mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
71 mM [U-13C; U-15N]-Cyt mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
81.5 mM [U-2H] mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
91.5 mM [U-2H] mdCR4/5, 10 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMmdCR4/5-11
10 mMsodium phosphate-21
100 mMpotassium chloride-31
1.2 mMmdCR4/5-42
10 mMsodium phosphate-52
100 mMpotassium chloride-62
1 mMmdCR4/5-7[U-13C; U-15N]3
10 mMsodium phosphate-83
100 mMpotassium chloride-93
1 mMmdCR4/5-10[U-13C; U-15N]-Ade4
10 mMsodium phosphate-114
100 mMpotassium chloride-124
1 mMmdCR4/5-13[U-13C; U-15N]-Ura5
10 mMsodium phosphate-145
100 mMpotassium chloride-155
1 mMmdCR4/5-16[U-13C; U-15N]-Gua6
10 mMsodium phosphate-176
100 mMpotassium chloride-186
1 mMmdCR4/5-19[U-13C; U-15N]-Cyt7
10 mMsodium phosphate-207
100 mMpotassium chloride-217
1.5 mMmdCR4/5-22[U-2H]8
10 mMsodium phosphate-238
100 mMpotassium chloride-248
1.5 mMmdCR4/5-25[U-2H]9
10 mMsodium phosphate-269
100 mMpotassium chloride-279
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 6.3 ambient 293 K
210 6.3 ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
XwinNMR3.5Bruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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