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万見
- PDB-2mhc: NMR structure of the catalytic domain of the large serine resolva... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mhc
タイトルNMR structure of the catalytic domain of the large serine resolvase TnpX
要素TnpX
キーワードRECOMBINATION / SERINE RESOLVASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4368 / Domain of unknown function (DUF4368) / Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / : ...Domain of unknown function DUF4368 / Domain of unknown function (DUF4368) / Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, SIMULATED ANNEALING
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Headey, S.J. / Sivakumaran, A. / Adams, V. / Rodgers, A.J.W. / Rood, J.I. / Scanlon, M.J. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure and DNA Binding of the Catalytic of the Large Serine Resolvase Tnpx
著者: Headey, S.J. / Sivakumaran, A. / Adams, V. / Rodgers, A.J.W. / Scanlon, J.I. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TnpX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7931
ポリマ－13,7931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TnpX


分子量: 13793.226 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-120 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: TN4451, tnpX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O05415

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO 3D CBCA(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1912D (HB)CB(CGCD)HD
11013D (H)CCH-TOCSY 2D (HB)CB(CGCDCE)HE
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11312D 1H-1 NOESY
11412D 1H-15N NOE

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試料調製

詳細内容: 0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TNPX-1, 10% D2O-2, 150mM sodium chloride-3, 20mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMTNPX-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 %D2O-21
150 mMsodium chloride-31
20 mMsodium phosphate-41
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: VARIAN INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSSOLVE1.2BRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES精密化
XEASY1.4Bartels et al.構造決定
TopSpinBruker Biospin解析
VnmrJVariancollection
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: FROM EXTENDED CONFORMER, FROM FOLDED CONFORMER, IN TIP3 WATER
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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