PDB-2mgp: Structure of Plasmodium Yoelii Merozoite Surface Protein 1 - C-te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mgp

タイトル

Structure of Plasmodium Yoelii Merozoite Surface Protein 1 - C-terminal Domain

要素

Merozoite surface protein 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Curd, R.D. / Birdsall, B. / Kadekoppala, M. / Ogun, S. / Kelly, G. / Holder, A.A.

引用

ジャーナル: OPEN BIOLOGY / 年: 2014
タイトル: The structure of Plasmodium yoelii merozoite surface protein 119, antibody specificity and implications for malaria vaccine design
著者: Curd, R.D. / Birdsall, B. / Kadekoppala, M. / Ogun, S.A. / Kelly, G. / Holder, A.A.

履歴

登録	2013年11月3日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mgp.cif.gz	543.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mgp.ent.gz	458.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mgp_validation.pdf.gz	542.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mgp_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2mgp_validation.xml.gz	211.6 KB	表示
CIF形式データ	2mgp_validation.cif.gz	150.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/2mgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/2mgp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mgrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2abd-d 1a1u-d 2mgr-d 4dm5-4 2m3z-d 4dm5-3 2av5-2 3m8a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19233

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Merozoite surface protein 1

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Merozoite surface protein 1 分子量: 10729.723 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain, UNP residues 1656-1754 / 変異: N25D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫) 遺伝子: MSP-1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P13828

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D H(CCO)NH
1	5	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	9	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MSP1_19-1, 25 mM potassium phosphate-2, 50 mM potassium chloride-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	MSP1_19-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
25 mM	potassium phosphate-2		1
50 mM	potassium chloride-3		1

試料状態

イオン強度: 75 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	3
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	7.3	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	3	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	3	Goddard	データ解析
ARIA/CNS	2.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA/CNS			精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Standard SA protocol using ARIA with final water refinement

NMR constraints

NOE constraints total: 2079 / NOE intraresidue total count: 1038 / NOE long range total count: 708 / NOE medium range total count: 212 / NOE sequential total count: 566 / Protein phi angle constraints total count: 57 / Protein psi angle constraints total count: 57

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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