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万見
- PDB-2mfp: Solution structure of the circular g-domain analog from the wheat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mfp
タイトルSolution structure of the circular g-domain analog from the wheat metallothionein Ec-1
要素EC protein I/II
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metallothionein / Metal-thiolate cluster / Backbone cyclized protein
機能・相同性Plant EC metallothionein-like protein, family 15 / Plant PEC family metallothionein / zinc ion binding / : / EC protein I/II
機能・相同性情報
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Tarasava, K. / Johannsen, S. / Freisinger, E.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2013
タイトル: Solution Structure of the Circular gamma-Domain Analog from the Wheat Metallothionein Ec-1.
著者: Tarasava, K. / Johannsen, S. / Freisinger, E.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EC protein I/II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0173
ポリマ－2,7921
非ポリマー2252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド EC protein I/II / Zinc metallothionein class II


分子量: 2792.142 Da / 分子数: 1 / 断片: GAMMA DOMAIN (UNP residues 2-27) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / プラスミド: pTWIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30569
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THESE RESIDUES ARE ARTIFICIAL ONES THAT WERE INSERTED AS LINKER TO ENABLE THE ...AUTHORS STATE THAT THESE RESIDUES ARE ARTIFICIAL ONES THAT WERE INSERTED AS LINKER TO ENABLE THE CYCLIZATION OF THIS SMALL GAMMA-DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-113Cd HSQC
2412D 1H-1H TOCSY
2512D 1H-1H NOESY
2612D 1H-113Cd HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.9 mM cyc-gEc1, 1.8 mM 113Cd CADMIUM ION, 10 mM [U-99% 2H] TRIS, 10 mM sodium perchlorate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMcyc-gEc1-11
1.8 mMCADMIUM ION-2113Cd1
10 mMTRIS-3[U-99% 2H]1
10 mMsodium perchlorate-41
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.027.5ambient 307.2 K
20.027.5ambient 295.5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.9.0Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.0Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.9.0Keller and Wuthrichデータ解析
CYANA3.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddardデータ解析
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
XEASY1.3.13Bartels et al.peak picking
X-PLOR NIH2.33Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.33Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TopSpin3Bruker Biospin解析
TopSpin3Bruker Biospincollection
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINT REFINEMENT IN EXPLICIT SOLVENT (WATER), IN TORSION COORDINATES USING NOEASSIGN ALGORITHM
NMR constraintsNOE constraints total: 201 / NOE long range total count: 21 / NOE medium range total count: 38
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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