PDB-2mfn: SOLUTION NMR STRUCTURE OF LINKED CELL ATTACHMENT MODULES OF MOUSE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mfn

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE OF LINKED CELL ATTACHMENT MODULES OF MOUSE FIBRONECTIN CONTAINING THE RGD AND SYNERGY REGIONS, 10 STRUCTURES

要素

FIBRONECTIN

キーワード

CELL ADHESION PROTEIN / RGD / EXTRACELLULAR MATRIX

機能・相同性

機能・相同性情報

Extracellular matrix organization / Fibronectin matrix formation / Syndecan interactions / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of monocyte activation ...Extracellular matrix organization / Fibronectin matrix formation / Syndecan interactions / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of monocyte activation / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Cell surface interactions at the vascular wall / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / GPER1 signaling / fibrinogen complex / Platelet degranulation / integrin activation / cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / biological process involved in interaction with symbiont / peptidase activator activity / response to muscle activity / endodermal cell differentiation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / basement membrane / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / acute-phase response / wound healing / integrin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / regulation of cell shape / heparin binding / : / protease binding / angiogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / receptor ligand activity / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / TORSION-ANGLE MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Copie, V. / Tomita, Y. / Akiyama, S.K. / Aota, S. / Yamada, K.M. / Venable, R.M. / Pastor, R.W. / Krueger, S. / Torchia, D.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure and dynamics of linked cell attachment modules of mouse fibronectin containing the RGD and synergy regions: comparison with the human fibronectin crystal structure.
著者: Copie, V. / Tomita, Y. / Akiyama, S.K. / Aota, S. / Yamada, K.M. / Venable, R.M. / Pastor, R.W. / Krueger, S. / Torchia, D.A.

履歴

登録	1998年2月11日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mfn.cif.gz	542.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mfn.ent.gz	454.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mfn_validation.pdf.gz	348.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mfn_full_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示
XML形式データ	2mfn_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	2mfn_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mfnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z5p-d 6sth-d 3lqm-1 2hft-d 1gsm-d 2kpy-d 2vh2-1 6igo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (4)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FIBRONECTIN

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 40	NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.5 A,NO DIHEDRAL ANGLE RESTRAINT VIOLATIONS > 5, RMSD FOR BOND DEVIATIONS FROM IDEALITY < 0.05 A, RMSD FOR ANGLE DEVIATIONS FROM IDEALITY < 5 AND RMSD FOR IMPROPER ANGLES DEVIATIONS FROM IDEALITY < 5
代表モデル

#1: タンパク質	FIBRONECTIN 分子量: 19780.934 Da / 分子数: 1 断片: 184 AMINO ACID FRAGMENT, 9TH AND 10TH TYPE-III REPEATS 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P11276

#1: タンパク質

FIBRONECTIN

分子量: 19780.934 Da / 分子数: 1
断片: 184 AMINO ACID FRAGMENT, 9TH AND 10TH TYPE-III REPEATS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: BL21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P11276

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN: CBCA(CO)NH
1	2	1	CBCANH
1	3	1	HBHA(CO)NH
1	4	1	C (CO)NH
1	5	1	H(CCO)NH
1	6	1	(H)CCH-TOCSY
1	7	1	HOHAHA
1	8	1	15N
1	9	1	13C-HSQC
1	10	1	2D
1	11	1	3D
1	12	1	4D-NOESY. QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS; HNHA
1	13	1	HNHB
1	14	1	HAHB
1	15	1	CCO-SED
1	16	1	CN-SED
1	17	1	LRCC
1	18	1	LRCH.

-
試料調製

試料状態	pH: 4.2 / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX500	Bruker	DMX500	500	1
Bruker AMX500	Bruker	AMX500	600	2
Bruker AMX600	Bruker	AMX600	600	3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.8	モデル構築
X-PLOR	3.8	精密化
X-PLOR	3.8	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.8	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: TORSION-ANGLE MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.5 A,NO DIHEDRAL ANGLE RESTRAINT VIOLATIONS > 5, RMSD FOR BOND DEVIATIONS FROM IDEALITY < 0.05 A, RMSD FOR ANGLE DEVIATIONS FROM ...
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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