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- PDB-2mev: STRUCTURAL REFINEMENT AND ANALYSIS OF MENGO VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mev
タイトルSTRUCTURAL REFINEMENT AND ANALYSIS OF MENGO VIRUS
要素(MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT ...) x 4
キーワードVIRUS / CARDIO PICORNAVIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


positive stranded viral RNA replication / host cell nucleolus / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA helicase ...positive stranded viral RNA replication / host cell nucleolus / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Leader peptide, picornavirus / Viral leader polypeptide zinc finger / Virion protein N terminal domain / Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 ...Leader peptide, picornavirus / Viral leader polypeptide zinc finger / Virion protein N terminal domain / Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mengo virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Structural refinement and analysis of Mengo virus.
著者: Krishnaswamy, S. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: The Atomic Structure of Mengo Virus at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Luo, M. / Vriend, G. / Kamer, G. / Minor, I. / Arnold, E. / Rossmann, M.G. / Boege, U. / Scraba, D.G. / Duke, G.M. / Palmenberg, A.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: Implications of the Picornavirus Capsid Structure for Polyprotein Processing
著者: Arnold, E. / Luo, M. / Vriend, G. / Rossmann, M.G. / Palmenberg, A.C. / Parks, G.D. / Nicklin, M.J.H. / Wimmer, E.
#3: ジャーナル: Chem.Scr. / 年: 1986
タイトル: The Structure of a Human Common Cold Virus (Rhinovirus 14) and its Evolutionary Relations to Other Viruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Vriend, G. / Mosser, A.G. / Palmenberg, A.C. / ...著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Vriend, G. / Mosser, A.G. / Palmenberg, A.C. / Rueckert, R.R. / Sherry, B.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Picornaviruses of Two Different Genera Have Similar Structures
著者: Luo, M. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Rossmann, M.G. / Boege, U. / Scraba, D.G.
履歴
登録1989年4月21日処理サイト: BNL
置き換え1990年1月15日ID: 1MEV
改定 1.01990年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9395
ポリマ－91,8444
非ポリマー951
水4,197233
1
1: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,516,336300
ポリマ－5,510,637240
非ポリマー5,69860
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 460 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,69525
ポリマ－459,22020
非ポリマー4755
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 552 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,63430
ポリマ－551,06424
非ポリマー5706
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 5.52 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,516,336300
ポリマ－5,510,637240
非ポリマー5,69860
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)441.420, 427.310, 421.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 1 105, PRO 2 85, PRO 2 152, PRO 3 59 ARE CIS PROLINES.
2: SEE REMARK 9. / 3: SEE REMARK 10.
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.9860209, -0.13965473, 0.09088525), (0.13060843, 0.30904694, -0.94204293), (0.10346934, 0.94072987, 0.32296614)7.21568, 158.72985, -42.8753
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34generate(0.27424478, -0.15091011, 0.94974309), (0.89502028, -0.32121948, -0.30947752), (0.35177678, 0.93489618, 0.0469747)-2.06488, 76.09051, -41.04482
35generate(0.34897025, 0.80851381, 0.47382347), (0.8085333, -0.51540047, 0.28399593), (0.47382502, 0.28399002, -0.83356978)-64.76048, 44.83051, 107.87536
36generate(-0.49145853, -0.64699023, 0.58297542), (0.77508322, -0.01969004, 0.63156576), (-0.39714357, 0.76223287, 0.51114857)175.1384, -41.48602, 12.49896
37generate(-0.50877067, 0.41710656, 0.75310756), (0.82702426, 0.47980359, 0.29296685), (-0.23914962, 0.77188144, -0.5890669)43.90029, -66.09725, 108.70676
38generate(-0.36925735, 0.90842852, -0.1959438), (0.9084427, 0.30838664, -0.2822129), (-0.19594266, -0.28220685, -0.93912929)74.14671, 3.4684, 254.75818
39generate(-0.26572121, 0.14798541, -0.95262192), (0.90682101, -0.29704848, -0.29909462), (-0.32723325, -0.94331783, -0.05526428)224.07814, 71.07356, 248.81512
40generate(-0.3412457, -0.81331624, -0.47122337), (0.82440031, -0.49981102, 0.26565165), (-0.45158224, -0.29781858, 0.84105673)286.49444, 43.29019, 99.09069
41generate(0.48539786, -0.77514132, 0.40439621), (-0.63550188, 0.00485047, 0.77209514), (-0.60044362, -0.6317559, -0.49024833)99.07503, 98.00374, 290.7926
42generate(0.41921505, 0.07308444, 0.90493819), (-0.54609645, 0.81658284, 0.18703349), (-0.72528828, -0.57257868, 0.38223609)-37.79917, 61.08426, 207.20102
43generate(0.51653361, 0.81534354, 0.26151619), (-0.41245769, 0.50457537, -0.75848272), (-0.7503833, 0.28391717, 0.596925)-61.97307, 178.74076, 94.69376
44generate(0.64286259, 0.42585916, -0.63668246), (-0.41926981, -0.49998822, -0.75778222), (-0.6410482, 0.75408349, -0.14287438)59.96084, 288.37595, 108.75203
45generate(0.62361963, -0.55711455, -0.54837775), (-0.5571187, -0.80883519, 0.18816692), (-0.54838039, 0.18816642, -0.81478445)159.49404, 238.47773, 229.94777
46generate(0.49871584, 0.75928333, 0.41803782), (0.64688814, -0.00503395, -0.76257953), (-0.57691427, 0.65072782, -0.49368189)-70.24679, 116.66934, 149.44204
47generate(0.63416714, 0.55826682, -0.53493952), (0.55828415, -0.80927806, -0.18275258), (-0.53493993, -0.18274705, -0.82488908)35.94921, 153.23387, 269.7359
48generate(0.64286658, -0.41926738, -0.64104222), (0.42587202, -0.49999275, 0.75409158), (-0.63668099, -0.75776832, -0.14287383)152.07445, 36.64125, 272.23591
49generate(0.51279181, -0.82240023, 0.24636003), (0.43264081, 0.49540021, 0.75326616), (-0.74153477, -0.27967615, 0.60984196)117.6478, -71.98147, 153.48713
50generate(0.42370176, -0.09401585, 0.90090749), (0.56923628, 0.80130157, -0.18408813), (-0.70459689, 0.59082234, 0.39303066)-19.75428, -22.52139, 77.59635
51generate(-0.49146472, 0.77507116, -0.39713807), (-0.64700495, -0.01968339, 0.76224285), (0.58297413, 0.63155385, 0.5111481)123.19278, 102.97159, -82.28932
52generate(-0.42445528, -0.0654309, -0.90307935), (-0.56166246, 0.80133883, 0.20591802), (0.71019909, 0.59461697, -0.37688356)259.70087, 62.49727, 0.24805
53generate(-0.52050863, -0.81049775, -0.26860206), (-0.42784312, 0.51980337, -0.73943787), (0.73893726, -0.26996374, -0.61732872)284.9721, 176.81209, 115.91507
54generate(-0.64688231, -0.43047234, 0.62946775), (-0.43048071, -0.47521734, -0.76737511), (0.62947344, -0.76736712, 0.12209966)164.0825, 287.93685, 104.86386
55generate(-0.62893218, 0.54946314, 0.55002813), (-0.56593017, -0.80863849, 0.16071462), (0.53308293, -0.21019862, 0.81953669)64.09737, 242.30091, -17.63319
56generate(-0.49264897, -0.75921316, -0.42529596), (0.63561869, 0.01986686, -0.77175846), (0.59438376, -0.65052578, 0.47278211)292.66538, 116.17945, 59.4954
57generate(-0.62892691, -0.56592036, 0.53308067), (0.54947476, -0.80864361, -0.21019893), (0.55002912, 0.16070875, 0.81953654)186.83549, 157.00872, -59.74425
58generate(-0.63889156, 0.41442158, 0.64812809), (0.41442878, -0.52438599, 0.74382901), (0.64812703, 0.74381488, 0.16327755)69.61291, 41.63001, -65.40402
59generate(-0.50877209, 0.82701341, -0.23914532), (0.41710971, 0.47980535, 0.77189117), (0.75310953, 0.29295978, -0.58906724)102.99526, -70.50721, 50.3377
60generate(-0.4183892, 0.10166726, -0.90255787), (0.55381259, 0.81617211, -0.16479341), (0.71989435, -0.56879015, -0.39778291)240.84927, -24.43312, 127.52979

-
要素

-
MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)


分子量: 30561.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengo virus (ウイルス) / 属: Cardiovirus / 生物種: Encephalomyocarditis virus / 参照: UniProt: P12296
#2: タンパク質 MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)


分子量: 28791.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengo virus (ウイルス) / 属: Cardiovirus / 生物種: Encephalomyocarditis virus / 参照: UniProt: P12296
#3: タンパク質 MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)


分子量: 25154.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengo virus (ウイルス) / 属: Cardiovirus / 生物種: Encephalomyocarditis virus / 参照: UniProt: P12296
#4: タンパク質 MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)


分子量: 7336.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengo virus (ウイルス) / 属: Cardiovirus / 生物種: Encephalomyocarditis virus / 参照: UniProt: P12296

-
非ポリマー , 2種, 234分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: took from Luo et al., 1987 from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.4 %PEG80001drop
25 mg/mlvirus1drop
32.8 %PEG80001reservoir
40.1 Mphosphate1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / Rmerge(I) obs: 0.112

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→10 Å / Rfactor obs: 0.221
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6269 0 5 233 6507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0610.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0630.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.671
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.161.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.931
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.751.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.230.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.160.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.190.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 33000 / Rfactor obs: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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