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- PDB-2me6: NMR Structure of the homeodomain transcription factor Gbx1 from H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2me6
タイトルNMR Structure of the homeodomain transcription factor Gbx1 from Homo sapiens in complex with the DNA sequence CGACTAATTAGTCG
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*G)-3')
  • Homeobox protein GBX-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA binding / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex / Structural Genomics / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Partnership for Stem Cell Biology / STEMCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nervous system development / proprioception / sensory neuron axon guidance / spinal cord motor neuron differentiation / neuron fate commitment / adult walking behavior / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein GBX-1/2 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Homeobox protein GBX-1/2 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein GBX-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Proudfoot, A. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Stem Cell Biology (STEMCELL)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of the homeodomain transcription factor Gbx1 from Homo sapiens in complex with the DNA sequence CGACTAATTAGTCG
著者: Proudfoot, A. / Wuthrich, K. / Serrano, P. / Geralt, M.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein GBX-1
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9063
ポリマ－16,9063
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein GBX-1 / Gastrulation and brain-specific homeobox protein 1


分子量: 8346.700 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox DNA binding region, residues 256-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14549
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4279.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-13C NOESY aliphatic
1313D 1H-13C NOESY aromatic
1413D 1H-15N NOESY
151APSY 4D-HACANH
161APSY 5D-CBCA(CO)NH
171APSY 5D-(HA)CA(CO)NH
1812D 13C/15N double-filtered 1H-1H NOESY
1922D 13C/15N double-filtered 1H-1H NOESY
11022D 1H-1H TOCSY
11123D F2-edited, F3-filtered 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 0.8 mM DNA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 0.8 mM DNA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMentity-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
50 mMsodium chloride-21
20 mMsodium phosphate-31
5 mMsodium azide-41
0.8 mMDNA-51
0.8 mMentity-6[U-98% 13C; U-98% 15N]2
50 mMsodium chloride-72
20 mMsodium phosphate-82
5 mMsodium azide-92
0.8 mMDNA-102
試料状態イオン強度: 0.22 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.構造決定
CNSBrunger A. T. et.al.chemical shift assignment
CNSKeller and Wuthrich構造決定
CNSKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CNSBrunger A. T. et.al.構造決定
CNSBrunger A. T. et.al.chemical shift assignment
CNSKeller and Wuthrich構造決定
CNSKeller and Wuthrichchemical shift assignment
UNIOHerrmann and Wuthrichchemical shift assignment
UNIOHerrmann and Wuthrich構造決定
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
XEASYBartels et al.データ解析
3D_DARTVan Dijk and Bovin構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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