PDB-2mdl: Structure and NMR assignments of Scylla Serrata anti lipopolysacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mdl

タイトル

Structure and NMR assignments of Scylla Serrata anti lipopolysaccharide Factor-24 (SsALF-24)

要素

Anti-lipopolysaccharide factor

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial

機能・相同性

Anti-lipopolysaccharide factor/Scygonadin / Anti-lipopolysaccharide factor/Scygonadin superfamily / Anti-lipopolysaccharide factor/Scygonadin / defense response to bacterium / extracellular region / Anti-lipopolysaccharide factor

機能・相同性情報

生物種

Scylla serrata (ノコギリガザミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Sharma, S. / Barnwal, R. / Yedery, R. / Reddy, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR assignments of Scylla Serrata anti lipopolysaccharide Factor-24 (SsALF-24)
著者: Sharma, S. / Barnwal, R. / Yedery, R. / Reddy, K.

履歴

登録	2013年9月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2014年9月17日	ID: 2LRF
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mdl.cif.gz	202.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mdl.ent.gz	172.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mdl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mdl_validation.pdf.gz	384.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mdl_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	2mdl_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	2mdl_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/2mdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/2mdl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t56-d 1spw-d 1y1c-d 1ft8-5 2ru0-d 1kqh-d 1kos-d 2nbl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18363

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anti-lipopolysaccharide factor

3.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Anti-lipopolysaccharide factor / SsALF 分子量: 3116.794 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-77 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scylla serrata (ノコギリガザミ) / 参照: UniProt: B5TTX7
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D DQF-COSY
1	4	1	2D 1H-1H COSY
1	5	1	2D 1H-1H NOESY
1	6	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM Scylla Serrata anti lipopolysaccharide Factor-1, 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	濃度: 0.5 mM 構成要素: Scylla Serrata anti lipopolysaccharide Factor-1
試料状態	pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CCPNMR	CCPN	chemical shift assignment
CCPNMR	CCPN	データ解析
CCPNMR	CCPN	peak picking

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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