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万見
- PDB-2md9: Solution Structure of an Active Site Mutant Pepitdyl Carrier Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2md9
タイトルSolution Structure of an Active Site Mutant Pepitdyl Carrier Protein
要素Tyrocidine synthase 3
キーワードLIGASE / Protein / Carrier Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / PKS_PP_betabranch / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...ACP-like / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / PKS_PP_betabranch / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrocidine synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Tufar, P. / Rahighi, S. / Kraas, F.I. / Kirchner, D.K. / Loehr, F. / Henrich, E. / Koepke, J. / Dikic, I. / Guentert, P. / Marahiel, M.A. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of a PCP/Sfp Complex Reveals the Structural Basis for Carrier Protein Posttranslational Modification.
著者: Tufar, P. / Rahighi, S. / Kraas, F.I. / Kirchner, D.K. / Lohr, F. / Henrich, E. / Kopke, J. / Dikic, I. / Guntert, P. / Marahiel, M.A. / Dotsch, V.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrocidine synthase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9721
ポリマ－9,9721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Tyrocidine synthase 3 / Tyrocidine synthase III / ATP-dependent asparagine adenylase / AsnA / Asparagine activase / ATP- ...Tyrocidine synthase III / ATP-dependent asparagine adenylase / AsnA / Asparagine activase / ATP-dependent glutamine adenylase / GlnA / Glutamine activase / ATP-dependent tyrosine adenylase / TyrA / Tyrosine activase / ATP-dependent valine adenylase / ValA / Valine activase / ATP-dependent ornithine adenylase / OrnA / Ornithine activase / ATP-dependent leucine adenylase / LeuA / Leucine activase


分子量: 9972.424 Da / 分子数: 1 / 断片: Third PCP domain of TycC (UNP Residues 3032-3113) / 変異: S45A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
株: ATCC 8185 / 遺伝子: tycC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / Variant (発現宿主): pREP4 / 参照: UniProt: O30409

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HN(CA)CB
1513D H(CCCO)NH-TOCSY
1613D (H)C(CCO)NH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PCP, 50 mM sodium phosphate, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMPCP-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
0.15 mMDSS-31
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Sparky3.114Goddardpeak picking
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
CYANA3.96Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
OPALp1.4Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1419 / NOE intraresidue total count: 243 / NOE long range total count: 301 / NOE medium range total count: 457 / NOE sequential total count: 418 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 70 / Protein psi angle constraints total count: 70
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.63 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.13 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0145 Å / Distance rms dev error: 0.0005 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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