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- PDB-2md6: NMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA CONOTOXIN LO1A FROM Conus longurionis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2md6
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA CONOTOXIN LO1A FROM Conus longurionis
要素ALPHA CONOTOXIN LO1A
キーワードTOXIN (毒素) / CONOTOXIN (コノトキシン) / ALPHA CONOTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin Lo1a
類似検索 - 構成要素
生物種Conus longurionis (無脊椎動物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model5
データ登録者Maiti, M. / Lescrinier, E. / Herdewijn, P. / Lebbe, E.K.M. / Peigneur, S. / D'Souza, L. / Tytgat, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-Function Elucidation of a New alpha-Conotoxin, Lo1a, from Conus longurionis.
著者: Lebbe, E.K. / Peigneur, S. / Maiti, M. / Devi, P. / Ravichandran, S. / Lescrinier, E. / Ulens, C. / Waelkens, E. / D'Souza, L. / Herdewijn, P. / Tytgat, J.
履歴
登録2013年9月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA CONOTOXIN LO1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9371
ポリマ－1,9371
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA CONOTOXIN LO1A


分子量: 1937.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus longurionis (無脊椎動物) / 参照: UniProt: X1WB75*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-13C HSQC aliphatic
1512D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細内容: 2.6 mM CONOTOXIN LO1A, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 2.6 mM / 構成要素: CONOTOXIN LO1A-1
試料状態イオン強度: Not defined / pH: 5.9 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.25SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
TopSpin2.1Bruker解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 190 / NOE intraresidue total count: 65 / NOE long range total count: 13 / NOE medium range total count: 46 / NOE sequential total count: 66 / Protein phi angle constraints total count: 8
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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