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万見
- PDB-2mcu: Solid-state NMR structure of piscidin 1 in aligned 3:1 phosphatid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mcu
タイトルSolid-state NMR structure of piscidin 1 in aligned 3:1 phosphatidylcholine/phosphoglycerol lipid bilayers
要素Moronecidin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide / anticancer peptide / anti HIV-1 / cationic / amphipathic / histidine rich / helical / lipid bilayers / bacterial cell membrane mimic
機能・相同性Pleurocidin / Pleurocidin family / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Moronecidin
機能・相同性情報
生物種Morone saxatilis (魚類)
手法個体NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Fu, R. / Tian, Y. / Perrin Jr., B.S. / Grant, C.V. / Pastor, R.W. / Cotten, M.L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: High-resolution structures and orientations of antimicrobial peptides piscidin 1 and piscidin 3 in fluid bilayers reveal tilting, kinking, and bilayer immersion.
著者: Perrin, B.S. / Tian, Y. / Fu, R. / Grant, C.V. / Chekmenev, E.Y. / Wieczorek, W.E. / Dao, A.E. / Hayden, R.M. / Burzynski, C.M. / Venable, R.M. / Sharma, M. / Opella, S.J. / Pastor, R.W. / Cotten, M.L.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Moronecidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5771
ポリマ－2,5771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Moronecidin / Piscidin-1


分子量: 2577.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct / 由来: (合成) Morone saxatilis (魚類) / 参照: UniProt: Q8UUG0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験タイプ: 15N 1H solid-state de-HETCOR

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試料調製

詳細内容: 15-20 MM PISCIDIN 1, 300-400 MM 3:1 (molar) 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine/1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylglycerol, 40 MM PHOSPHATE BUFFER WITH 100% H2O
溶媒系: 100% H2O
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHBrunger A. T. et.al.構造決定
Xplor-NIHBrunger A. T. et.al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using a simulated annealing protocol within Xplor-NIH with torsion angle molecular dynamics in the presence of experimentally determined restraints. Solid-state NMR ...詳細: Structures were calculated using a simulated annealing protocol within Xplor-NIH with torsion angle molecular dynamics in the presence of experimentally determined restraints. Solid-state NMR experiments on static oriented lipid bilayer samples allowed for the measurements of anisotropic backbone 15N chemical shifts and 15N-1H dipolar couplings, which were used as the experimental restraints. The initial structure was an alpha helix with ideal phi/psi angles (-61/-45). The calculations also included the Xplor-NIH potential for knowledge-based torsion angles and the routine terms ANGL, BOND and IMPR. A total of 100 structures were generated and the 10 lowest energy structures were accepted for analysis and representation. By convention, the bilayer normal for all of the oriented samples is aligned along the z-axis of the calculated structures.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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