PDB-2mcf: NMR structure of TGAM_1934

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mcf

タイトル

NMR structure of TGAM_1934

要素

TGAM_1934

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Tgam

機能・相同性

Rossmann fold - #11630 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus gammatolerans (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Yang, Y. / Montet de Guillen, K. / Roumestand, C.

引用

ジャーナル: Proteomics / 年: 2015
タイトル: Prioritizing targets for structural biology through the lens of proteomics: the archaeal protein TGAM_1934 from Thermococcus gammatolerans.
著者: Yang, Y.S. / Fernandez, B. / Lagorce, A. / Aloin, V. / De Guillen, K.M. / Boyer, J.B. / Dedieu, A. / Confalonieri, F. / Armengaud, J. / Roumestand, C.

履歴

登録	2013年8月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mcf.cif.gz	754.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mcf.ent.gz	637.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/2mcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/2mcf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1lru-2 1bs5-3 1dff-d 4al2-2 6jer-1 2ai8-3 4al2-3 1lm6-d 5vt7-1 2ai8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19438

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TGAM_1934

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	TGAM_1934 分子量: 16758.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus gammatolerans (古細菌) 株: DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3 / 遺伝子: TGAM_1934 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5A217
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: protein-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] / Conc. range: 0.5-0.8
試料状態	イオン強度: 0.2 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 305 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software	名称: CYANA / バージョン: 2.1 / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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