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- PDB-2mc3: NMR solution structure of the winged-helix domain from MUS81 stru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mc3
タイトルNMR solution structure of the winged-helix domain from MUS81 structure-specific endonuclease
要素MUS81 endonuclease homolog (Yeast), isoform CRA_b
キーワードHYDROLASE / alpha beta / winged-helix / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like ...Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endonuclease MUS81 / Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, SIMULATED ANNEALING
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Harris, R. / Fadden, A. / Mcdonald, N.Q.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: A winged helix domain in human MUS81 binds DNA and modulates the endonuclease activity of MUS81 complexes.
著者: Fadden, A.J. / Schalbetter, S. / Bowles, M. / Harris, R. / Lally, J. / Carr, A.M. / McDonald, N.Q.
履歴
登録2013年8月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Other
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MUS81 endonuclease homolog (Yeast), isoform CRA_b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0071
ポリマ－12,0071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 MUS81 endonuclease homolog (Yeast), isoform CRA_b / cDNA FLJ44872 fis / clone BRAMY2022320 / highly similar to Crossover junction endonuclease MUS81 (EC 3.1.22.-)


分子量: 12006.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCG_23303, MUS81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RECA- / 参照: UniProt: B3KX63, UniProt: Q96NY9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1143D 15N NOESY-HSQC
1223D 13C NOESY HSQC
1323D 13C AROMATIC NOESY-HSQ 2D IPAP
1442D 1H-15N HSQC
1522D 1H-13C HSQC
1613D HNCO
1722D 1H-13C AROMATIC HSQC
1832D IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM Na phosphate buffer, 250 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1mM DTT, pH7.090% H2O/10% D2O
2MUS81-WINGED HELIX DOMAIN, 25 MM SODIUM PHOSPHATE, 250 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, pH7100% D2O
31 MM MUS81-WINGED HELIX DOMAIN, 25 MM SODIUM PHOSPHATE, 250 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, pH7, 5%n-octyl-penta(ethyleneglycol):octanol 0.96:190% H2O/10% D2O
41 MM MUS81-WINGED HELIX DOMAIN, 25 MM SODIUM PHOSPHATE, 250 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 1MM DTT pH790% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 250 / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: VARIAN UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER, A.T. ET AL.精密化
ANSIGBoucher構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: AB INITIO SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITHIN THE CNS PROGRAM, WITH PARALLHDGV5.3 FORCE FIELD AND PROLS NON-BONDED ENERGY FUNCTION. THIS PROTOCOL ADOPTS A MIXTURE OF CARTESIAN MOLECULAR ...詳細: AB INITIO SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITHIN THE CNS PROGRAM, WITH PARALLHDGV5.3 FORCE FIELD AND PROLS NON-BONDED ENERGY FUNCTION. THIS PROTOCOL ADOPTS A MIXTURE OF CARTESIAN MOLECULAR DYNAMICS AND TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATE ANNEALING. INCLUDING RDC RESTRAINTS., AB INITIO SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITHIN THE CNS PROGRAM, WITH PARALLHDGV5.3 FORCE FIELD AND PROLS NON-BONDED ENERGY FUNCTION. THIS PROTOCOL ADOPTS A MIXTURE OF CARTESIAN MOLECULAR DYNAMICS AND TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATE ANNEALING. INCLUDING RDC RESTARINTS.
NMR constraintsNOE constraints total: 1634 / NOE intraresidue total count: 497 / NOE long range total count: 379 / NOE medium range total count: 357 / NOE sequential total count: 386 / Hydrogen bond constraints total count: 38 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 54
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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