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万見
- PDB-2mbg: Rlip76 (gap-gbd) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mbg
タイトルRlip76 (gap-gbd)
要素RalA-binding protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / RhoGAP / RalBP1
機能・相同性
機能・相同性情報


doxorubicin transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / regulation of Cdc42 protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of mitochondrial fission ...doxorubicin transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / regulation of Cdc42 protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of mitochondrial fission / regulation of GTPase activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / CDC42 GTPase cycle / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / transmembrane transport / small GTPase binding / spindle pole / endocytosis / chemotaxis / nuclear body / positive regulation of protein phosphorylation / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RalA-binding protein 1 / : / RLIP76, Ral binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases ...RalA-binding protein 1 / : / RLIP76, Ral binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RalA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Rajasekar, K.V. / Campbell, L.J. / Nietlispach, D. / Owen, D. / Mott, H.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: The Structure of the RLIP76 RhoGAP-Ral Binding Domain Dyad: Fixed Position of the Domains Leads to Dual Engagement of Small G Proteins at the Membrane.
著者: Rajasekar, K.V. / Campbell, L.J. / Nietlispach, D. / Owen, D. / Mott, H.R.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RalA-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0151
ポリマ－31,0151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RalA-binding protein 1 / RalBP1 / 76 kDa Ral-interacting protein / Dinitrophenyl S-glutathione ATPase / DNP-SG ATPase / Ral- ...RalBP1 / 76 kDa Ral-interacting protein / Dinitrophenyl S-glutathione ATPase / DNP-SG ATPase / Ral-interacting protein 1


分子量: 31015.139 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 184-446 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALBP1, RLIP1, RLIP76 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15311

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N-TROSY
1243D HNCA
1343D HN(CO)CA
1443D HN(CA)CB
1543D HN(COCA)CB
1643D HNCO
1723D 1H-15N NOESY
1833D HBHA(CBCACO)NH
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D (H)CCH-TOCSY
11133D 1H-13C NOESY
11232D 1H-13C HSQC
11333D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM RLIP76-GAP-GBD, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 mM DTT, 90 % H20, 10 % D20, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [U-100% 15N] RLIP76-GAP-GBD, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 mM DTT, 90 % H20, 10 % D20, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RLIP76-GAP-GBD, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 mM DTT, 90 % H20, 10 % D20, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] RLIP76-GAP-GBD, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 mM DTT, 90 % H20, 10 % D20, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMRLIP76-GAP-GBD-11
20 mMTRIS-21
100 mMsodium chloride-31
0.05 %sodium azide-41
5 mMDTT-51
90 %H20-61
10 %D20-71
0.7 mMRLIP76-GAP-GBD-8[U-100% 15N]2
20 mMTRIS-92
100 mMsodium chloride-102
0.05 %sodium azide-112
5 mMDTT-122
90 %H20-132
10 %D20-142
0.6 mMRLIP76-GAP-GBD-15[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMTRIS-163
100 mMsodium chloride-173
0.05 %sodium azide-183
5 mMDTT-193
90 %H20-203
10 %D20-213
0.4 mMRLIP76-GAP-GBD-22[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]4
20 mMTRIS-234
100 mMsodium chloride-244
0.05 %sodium azide-254
5 mMDTT-264
90 %H20-274
10 %D20-284
試料状態pH: 7.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AzaraBoucher解析
CCPN-Analysis(CCPN)- Vranken et al.chemical shift assignment
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ARIA based water refinement
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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