PDB-2mb1: NMR Structure of the Complete Internal Fusion Loop mutant I544A f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mb1

タイトル

NMR Structure of the Complete Internal Fusion Loop mutant I544A from Ebolavirus GP2 at pH 5.5

要素

Virion spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Fusion Loop

機能・相同性

Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / viral envelope / extracellular region / membrane / Envelope glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 8

データ登録者

Tamm, L.K. / Gregory, S.M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Ebolavirus Entry Requires a Compact Hydrophobic Fist at the Tip of the Fusion Loop.
著者: Gregory, S.M. / Larsson, P. / Nelson, E.A. / Kasson, P.M. / White, J.M. / Tamm, L.K.

履歴

登録	2013年7月22日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn / struct_conn_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mb1.cif.gz	317 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mb1.ent.gz	261.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mb1_validation.pdf.gz	535.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mb1_full_validation.pdf.gz	795.7 KB	表示
XML形式データ	2mb1_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	2mb1_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/2mb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/2mb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m5fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ruw-d 2y6n-1 2jzp-d 1ehs-d 2fk3-4 1u6c-d 2lcz-d 3tgf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19383

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Virion spike glycoprotein

5.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Virion spike glycoprotein 分子量: 5905.612 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 507-560 / 変異: I544A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 遺伝子: GP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7QI57

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D 1H-13C NOESY
1	7	1	3D C(CO)NH
1	8	1	3D H(CCO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 30 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] I544A Ebov FL, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
30 mM	potassium phosphate-1		1
50 mM	sodium chloride-2		1
600 uM	I544A Ebov FL-3	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1

試料状態

pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	NOE constraints total: 306 / NOE intraresidue total count: 93 / NOE long range total count: 19 / NOE medium range total count: 60 / NOE sequential total count: 134 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 33
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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