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- PDB-2mb0: Solution structure of hnRNP G RRM in complex with the RNA 5'-AUCAAA-3' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mb0
タイトルSolution structure of hnRNP G RRM in complex with the RNA 5'-AUCAAA-3'
要素
  • RNA-binding motif protein, X chromosome
  • RNA_(5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')
キーワードSPLICING/RNA / hnRNP G / Splicing / RRM / SMN / SMA / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


supraspliceosomal complex / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RHOBTB1 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / membrane protein ectodomain proteolysis / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...supraspliceosomal complex / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RHOBTB1 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / membrane protein ectodomain proteolysis / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / cellular response to interleukin-1 / RHOBTB2 GTPase cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / euchromatin / mRNA splicing, via spliceosome / protein homooligomerization / osteoblast differentiation / transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / mRNA binding / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
RBM1CTR / RBM1CTR (NUC064) family / : / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...RBM1CTR / RBM1CTR (NUC064) family / : / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding motif protein, X chromosome
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Moursy, A. / Allain, F.H.-T. / Clery, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Characterization of the RNA recognition mode of hnRNP G extends its role in SMN2 splicing regulation.
著者: Moursy, A. / Allain, F.H. / Clery, A.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA-binding motif protein, X chromosome
A: RNA_(5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2972
ポリマ－12,2972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6690 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding motif protein, X chromosome / Glycoprotein p43 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein G / hnRNP G / RNA-binding motif protein ...Glycoprotein p43 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein G / hnRNP G / RNA-binding motif protein / X chromosome / N-terminally processed


分子量: 10413.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBMX, HNRPG, RBMXP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38159
#2: RNA鎖 RNA_(5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1883.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC aliphatic
1332D 1H-13C HSQC aromatic
1422D 1H-1H TOCSY
1522D 1H-1H NOESY
1633D CBCA(CO)NH
1733D HNCA
1833D HN(CA)CB
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D 1H-13C NOESY aliphatic
11133D 1H-13C NOESY aromatic
11213D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] protein_1, 1 mM RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] protein_1, 1 mM RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3'), 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 1 mM RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 1 mM RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3'), 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-100% 15N]1
1 mMRNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')-21
1 mMentity_1-3[U-100% 15N]2
1 mMRNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')-42
1 mMentity_1-5[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMRNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')-63
1 mMentity_1-7[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1 mMRNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*AP*A)-3')-84
試料状態イオン強度: 70 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software名称: Amber
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman
分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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