PDB-2mar: Solution structure of Ani s 5 Anisakis simplex allergen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mar

タイトル

Solution structure of Ani s 5 Anisakis simplex allergen

要素

SXP/RAL-2 family protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

SXP/RAL-2 family protein Ani s 5-like, cation-binding domain / : / SXP/RAL-2 family protein Ani s 5-like, metal-binding domain / IgE binding / IgG binding / extracellular space / SXP/RAL-2 family protein Ani s 5

機能・相同性情報

生物種

Anisakis simplex (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, energy minimization

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Garcia-Mayoral, M.F. / Trevino, M.A. / Perez-Pinar, T. / Caballero, M.L. / Knaute, T. / Umpierrez, A. / Bruix, M. / Rodriguez-Perez, R.

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014
タイトル: Relationships between IgE/IgG4 epitopes, structure and function in Anisakis simplex Ani s 5, a member of the SXP/RAL-2 protein family
著者: Garcia-Mayoral, M.F. / Trevino, M.A. / Perez-Pinar, T. / Caballero, M.L. / Knaute, T. / Umpierrez, A. / Bruix, M. / Rodriguez-Perez, R.

履歴

登録	2013年7月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mar.cif.gz	803.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mar.ent.gz	677.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bde-d 7lf5-d 1h3w-d 2nnu-d 2p4v-2 6uqc-2 3l0r-d 5iw3-d 5vh5-d 2kej-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19372

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SXP/RAL-2 family protein

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	SXP/RAL-2 family protein 分子量: 14759.721 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anisakis simplex (無脊椎動物) / 遺伝子: Ani s 5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A1IKL2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D HNCA
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D CBCA(CO)NH
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	10	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	11	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] Ani s 5-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: Ani s 5-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
Amber	9	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
CYANA			精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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