PDB-2mag: NMR STRUCTURE OF MAGAININ 2 IN DPC MICELLES, 10 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mag

タイトル

NMR STRUCTURE OF MAGAININ 2 IN DPC MICELLES, 10 STRUCTURES

要素

MAGAININ 2

キーワード

ANTIBIOTIC / MAGAININ / MEMBRANE / AMPHIPATHIC HELIX / MICELLE

機能・相同性

regulation of defense response to virus / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Magainins

機能・相同性情報

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Gesell, J.J. / Zasloff, M. / Opella, S.J.

引用

ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Two-dimensional 1H NMR experiments show that the 23-residue magainin antibiotic peptide is an alpha-helix in dodecylphosphocholine micelles, sodium dodecylsulfate micelles, and ...
著者: Gesell, J. / Zasloff, M. / Opella, S.J.

履歴

登録	1997年12月19日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2016年10月26日	Group: Structure summary
改定 1.4	2024年6月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mag.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mag.ent.gz	46.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mag_validation.pdf.gz	335.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mag_full_validation.pdf.gz	395.7 KB	表示
XML形式データ	2mag_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	2mag_validation.cif.gz	8.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fi0-d 1emz-d 1odq-d 2mcv-d 2ojo-d 1wnn-d 6psl-1 5u9x-d 1ont-d 5m9u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAGAININ 2

2.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	LOWEST ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	MAGAININ 2 分子量: 2469.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS PREPARED BY SOLID-PHASE SYNTHESIS 由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P11006

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

-
試料調製

試料状態	pH: 4.1 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR INTERFACED THROUGH NMRCOMPASS	NMRCOMPASS	BRUNGER	精密化
BIOSYM NMRCOMPASS	NMRCOMPASS		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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