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万見
- PDB-2ma4: Solution NMR Structure of yahO protein from Salmonella typhimuriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma4
タイトルSolution NMR Structure of yahO protein from Salmonella typhimurium, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target StR106
要素Putative periplasmic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / DUF1471
機能・相同性YdgH/BhsA/McbA-like domain / YdgH-like superfamily / YdgH/BhsA/McbA-like domain / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Putative periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Eletsky, A. / Zhang, Q. / Liu, G. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Eletsky, A. / Zhang, Q. / Liu, G. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of DUF1471 Domains of Salmonella Proteins SrfN, YdgH/SssB, and YahO.
著者: Eletsky, A. / Michalska, K. / Houliston, S. / Zhang, Q. / Daily, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Yee, A. / Lemak, A. / Wu, B. / Garcia, M. / Burnet, M.C. / Meyer, K.M. / Aryal, U.K. / Sanchez, O. / ...著者: Eletsky, A. / Michalska, K. / Houliston, S. / Zhang, Q. / Daily, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Yee, A. / Lemak, A. / Wu, B. / Garcia, M. / Burnet, M.C. / Meyer, K.M. / Aryal, U.K. / Sanchez, O. / Ansong, C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Adkins, J.N. / Montelione, G.T. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Savchenko, A. / Szyperski, T. / Cort, J.R.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7451
ポリマ－8,7451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative periplasmic protein


分子量: 8744.854 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-91 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM0366, STM4576, yahO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q7CR49

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
141(4,3)D GFT CABCA(CO)NHN
151(4,3)D GFT HNHNCABCA
161(4,3)D GFT HABCAB(CO)NHN
1713D 1H-15N,13C NOESY
181(4,3)D GFT (H)CCH-COSY aliphatic
1913D (H)CCH-COSY aromatic
11013D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11112D 1H-13C HSQC aromatic
11222D 1H-13C HSQC methyl
11332D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] StR106, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [5% 13C; U-100% 15N] StR106, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] StR106, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 50 uM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMStR106-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %NaN3-21
10 mMDTT-31
5 mMcalcium chloride-41
100 mMsodium chloride-51
20 mMammonium acetate-61
50 uMDSS-71
1 mMStR106-8[5% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %NaN3-92
10 mMDTT-102
5 mMcalcium chloride-112
100 mMsodium chloride-122
20 mMammonium acetate-132
50 uMDSS-142
0.3 mMStR106-15[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.02 %NaN3-163
10 mMDTT-173
5 mMcalcium chloride-183
100 mMsodium chloride-193
20 mMammonium acetate-203
50 uMDSS-213
試料状態pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelionestructure calculation
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
XEASY1.3.13Bartels et al.peak picking
XEASY1.3.13Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
XEASY1.3.13Keller and Wuthrichデータ解析
XEASY1.3.13Keller and Wuthrichpeak picking
XEASY1.3.13Keller and Wuthrichchemical shift assignment
XEASY1.3.13Keller and Wuthrichデータ解析
VnmrJ2.2DVariancollection
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVS1.4Bhattacharya, Montelionestructure validation
XEASY1.3.13Bartels et al.data analysis,peak picking,chemical shift assignment
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
XEASY1.3.13Keller and Wuthrichdata analysis,peak picking,chemical shift assignment
XEASY1.3.13Keller and Wuthrichデータ解析
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PROSA6.4Guntert解析
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrichデータ解析
UBNMR1Shenデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND ASDP IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND ASDP IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE SELECTED AND USED IN ITERATIVE REFINEMENT WITH CYANA. THE 20 CONFORMERS OUT OF 100 WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE FURTHER REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN EXPLICIT WATER BATH USING THE PROGRAM CNS WITH PARAM19 FORCE FIELD
NMR constraintsNOE constraints total: 1664 / NOE intraresidue total count: 295 / NOE long range total count: 570 / NOE medium range total count: 370 / NOE sequential total count: 429 / Hydrogen bond constraints total count: 62 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 50 / Protein psi angle constraints total count: 50
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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