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- PDB-2ma2: Solution structure of RasGRP2 EF hands bound to calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma2
タイトルSolution structure of RasGRP2 EF hands bound to calcium
要素RAS guanyl-releasing protein 2
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / protein / EF hand
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol binding / Effects of PIP2 hydrolysis / Rap1 signalling / positive regulation of GTPase activity / Integrin signaling / cellular response to calcium ion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of cell growth / FCERI mediated NF-kB activation / ruffle membrane ...diacylglycerol binding / Effects of PIP2 hydrolysis / Rap1 signalling / positive regulation of GTPase activity / Integrin signaling / cellular response to calcium ion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of cell growth / FCERI mediated NF-kB activation / ruffle membrane / Ras protein signal transduction / neuron projection / lipid binding / synapse / calcium ion binding / signal transduction / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / EF hand / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. ...RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / EF hand / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RAS guanyl-releasing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kuriyan, J. / Iwig, J. / Vercoulen, Y. / Das, R. / Barros, T. / Limnander, A. / Che, Y. / Pelton, J. / Wemmer, D. / Roose, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of autoinhibition in the Ras-specific exchange factor RasGRP1.
著者: Iwig, J.S. / Vercoulen, Y. / Das, R. / Barros, T. / Limnander, A. / Che, Y. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E. / Roose, J.P. / Kuriyan, J.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS guanyl-releasing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2151
ポリマ－9,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RAS guanyl-releasing protein 2 / Calcium and DAG-regulated guanine nucleotide exchange factor I / CalDAG-GEFI / Cdc25-like protein / ...Calcium and DAG-regulated guanine nucleotide exchange factor I / CalDAG-GEFI / Cdc25-like protein / hCDC25L / F25B3.3 kinase-like protein


分子量: 9215.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASGRP2, CDC25L, MCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LDG7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aromatic
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HNHA
1812D 1H-13C HSQC
1913D H(CCO)NH
11022D 1H-15N HSQC IPAP
11122D HN(CO)CA IPAP
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
11413D 1H-15N HSQC NOE 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RasGRP2, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
2500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RasGRP2, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 7 % D2O, 17 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMRasGRP2-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
25 mMHEPES-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMTCEP-41
7 %D2O-51
500 uMRasGRP2-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
25 mMHEPES-72
100 mMsodium chloride-82
1 mMTCEP-92
7 %D2O-102
17 mg/mLPf1 phage-112
試料状態イオン強度: 0.125 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 304 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
PALESZweckstetter M & Bax Aデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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