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万見
- PDB-2m96: Solution NMR structure of the RXFP2 LDLa module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m96
タイトルSolution NMR structure of the RXFP2 LDLa module
要素Relaxin receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / signaling / INSL3 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Relaxin receptors / protein-hormone receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / oocyte maturation / peptide hormone binding / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / male gonad development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events ...Relaxin receptors / protein-hormone receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / oocyte maturation / peptide hormone binding / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / male gonad development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Relaxin receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily ...Relaxin receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Relaxin receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Petrie, E.J. / Gooley, P.R. / Bathgate, A.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the RXFP2 LDLa module
著者: Petrie, E.J. / Gooley, P.R. / Bathgate, A.D.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Relaxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6862
ポリマ－4,6461
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Relaxin receptor 2 / G-protein coupled receptor 106 / G-protein coupled receptor affecting testicular descent / Leucine- ...G-protein coupled receptor 106 / G-protein coupled receptor affecting testicular descent / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 8 / Relaxin family peptide receptor 2


分子量: 4646.184 Da / 分子数: 1 / 断片: LDL-receptor class A domain residues 38-81 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXFP2, GPR106, GREAT, LGR8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXD0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D C(CO)NH
1423D 1H-13C NOESY
1513D HBHA(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D HN(CA)CB
1913D HNCO
11013D HNHB
11132D 1H-1H NOESY
11232D 1H-1H TOCSY
11313D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0 mM [U-99% 15N] protein, 50 mM imidazole, 10 mM CALCIUM ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM imidazole, 10 mM CALCIUM ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM protein, 50 mM [U-2H] imidazole, 10 mM CALCIUM ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMentity_1-1[U-99% 15N]1
50 mMimidazole-21
10 mMCALCIUM ION-31
2.5 mMentity_1-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMimidazole-52
10 mMCALCIUM ION-62
0.5 mMentity_1-73
50 mMimidazole-8[U-2H]3
10 mMCALCIUM ION-93
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ccpNMRCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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