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万見
- PDB-2m8x: Restrained CS-Rosetta Solution NMR structure of the CARDB domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m8x
タイトルRestrained CS-Rosetta Solution NMR structure of the CARDB domain of PF1109 from Pyrococcus furiosus. Northeast Structural Genomics Consortium target PfR193A
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CARDB domain / PFAM 07705 / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性CARDB domain / CARDB / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / CARDB domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Mao, B. / Tejero, R.T. / Aramini, J.M. / Snyder, D.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2013
タイトル: PDBStat: a universal restraint converter and restraint analysis software package for protein NMR.
著者: Tejero, R. / Snyder, D. / Mao, B. / Aramini, J.M. / Montelione, G.T.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8681
ポリマ－12,8681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12868.411 Da / 分子数: 1 / 断片: CARDB domain (UNP residues 436-540) / 変異: N68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MGK / 参照: UniProt: Q8U1U6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: restrained CS-Rosetta structure refinement
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY aliphatic
1513D 1H-13C NOESY aromatic
1622D 1H-13C HSQC high resolution (L/V methyl stereoassignment)
1713D HNCO
1813D HN(CA)CO
1913D HN(CO)CA
11013D HNCA
11113D CBCA(CO)NH
11213D HN(CA)CB
11313D HBHA(CO)NH
11413D (H)CCH-TOCSY
11513D (H)CCH-COSY
11613D CCH-TOCSY
11713D HNHA
11812D 1H-15N hetNOE
11911D 15N T1 and T2
NMR実験の詳細Text: THE FIRST REPRESENTATIVE STRUCTURE IN THE ENSEMBLE IS THE MEDOID STRUCTURE.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.65 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PfR193A, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 10 % D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.43 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] PfR193A, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 50 uM DSS, 10 % D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.65 mMPfR193A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
200 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
10 mMDTT-51
0.02 %sodium azide-61
50 uMDSS-71
10 %D2O-81
90 %H2O-91
0.43 mMPfR193A-10[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES-112
200 mMsodium chloride-122
5 mMcalcium chloride-132
10 mMDTT-142
0.02 %sodium azide-152
50 uMDSS-162
10 %D2O-172
90 %H2O-182
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.112Goddardデータ解析
Sparky3.112Goddardpeak picking
PINE1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionerpf analysis
PSVS1.3Bhattacharya and Montelionestructure quality analysis
MolProbity3.15Richardsonstructure quality analysis
PdbStat5.9Tejero and Montelionepdb coordinate analysis
TALOSplusCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle constraints
Rosetta3Rohl, Strauss, Misura, and Baker精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated by Restrained CS-Rosetta method using NOE-based distance and dihedral angle restraints from the original CNS-water refined structure calculations
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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