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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m8x | ||||||
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タイトル | Restrained CS-Rosetta Solution NMR structure of the CARDB domain of PF1109 from Pyrococcus furiosus. Northeast Structural Genomics Consortium target PfR193A | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / CARDB domain / PFAM 07705 / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | CARDB domain / CARDB / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / CARDB domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Mao, B. / Tejero, R.T. / Aramini, J.M. / Snyder, D.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2013 タイトル: PDBStat: a universal restraint converter and restraint analysis software package for protein NMR. 著者: Tejero, R. / Snyder, D. / Mao, B. / Aramini, J.M. / Montelione, G.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m8x.cif.gz | 657.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m8x.ent.gz | 550.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/2m8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/2m8x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2m6qC 2m8wC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12868.411 Da / 分子数: 1 / 断片: CARDB domain (UNP residues 436-540) / 変異: N68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MGK / 参照: UniProt: Q8U1U6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: restrained CS-Rosetta structure refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE FIRST REPRESENTATIVE STRUCTURE IN THE ENSEMBLE IS THE MEDOID STRUCTURE. |
-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | ソフトェア番号: 1 詳細: Structures were calculated by Restrained CS-Rosetta method using NOE-based distance and dihedral angle restraints from the original CNS-water refined structure calculations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |