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万見
- PDB-2m83: Solution structure of the carbohydrate binding module of the musc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m83
タイトルSolution structure of the carbohydrate binding module of the muscle glycogen-targeting subunit of Protein Phosphatase-1
要素Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
キーワードHYDROLASE / protein / starch binding domain / carbohydrate binding module
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen binding / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase type 1 complex / protein phosphatase 1 binding / glycogen metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate binding type-21 domain / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Koveal, D. / Page, R. / Peti, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular basis for Protein Phosphatase-1 regulation by the muscle glycogen-targeting subunit GM
著者: Koveal, D. / Choy, M. / Page, R. / Peti, W.
履歴
登録2013年5月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9981
ポリマ－15,9981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A / Protein phosphatase 1 glycogen-associated regulatory subunit / Protein phosphatase type-1 glycogen ...Protein phosphatase 1 glycogen-associated regulatory subunit / Protein phosphatase type-1 glycogen targeting subunit / RG1


分子量: 15998.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: PPP1R3A, PP1G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00756

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCA
1523D (H)CC(CO)NH
1623D HBHA(CO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1832D 1H-1H NOESY
1932D 1H-1H TOCSY
11032D 1H-1H COSY
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-99% 15N] GM CBM21, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GM CBM21, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM GM CBM21, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMGM CBM21-1[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
10 mMDTT-41
0.8 mMGM CBM21-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
10 mMDTT-82
0.8 mMGM CBM21-93
20 mMsodium phosphate-103
50 mMsodium chloride-113
10 mMDTT-123
試料状態イオン強度: 70 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CYANA_2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: RECOORD scripts were used (Nederveen et al. Proteins. 2005.)
NMR constraintsNOE constraints total: 2709 / NOE intraresidue total count: 177 / NOE long range total count: 767 / NOE medium range total count: 961 / NOE sequential total count: 804
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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