PDB-2m64: 1H, 13C and 15N Chemical Shift Assignments for Phl p 5a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m64

タイトル

1H, 13C and 15N Chemical Shift Assignments for Phl p 5a

要素

Phlp5

キーワード

PLANT PROTEIN

機能・相同性

Group V grass pollen allergen / Pollen allergen Poa p IX/Phl p VI / Pollen allergen/Uncharacterized protein Os / Ribonuclease (pollen allergen) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Pollen allergen Phl p 5.0101

機能・相同性情報

生物種

Phleum pratense (オオアワガエリ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Goebl, C. / Focke, M. / Schrank, E. / Madl, T. / Kosol, S. / Madritsch, C. / Flicker, S. / Valenta, R. / Zangger, K. / Tjandra, N.

引用

ジャーナル: J. Allergy Clin. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Flexible IgE epitope-containing domains of Phl p 5 cause high allergenic activity.
著者: Gobl, C. / Focke-Tejkl, M. / Najafi, N. / Schrank, E. / Madl, T. / Kosol, S. / Madritsch, C. / Dorofeeva, Y. / Flicker, S. / Thalhamer, J. / Valenta, R. / Zangger, K. / Tjandra, N.

履歴

登録	2013年3月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m64.cif.gz	669.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m64.ent.gz	562.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2m64_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2m64_full_validation.pdf.gz	617.8 KB	表示
XML形式データ	2m64_validation.xml.gz	57.3 KB	表示
CIF形式データ	2m64_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4e8u-d 1dy6-d 1vub-d 6ln0-d 4ytw-d 4lmf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19107

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phlp5

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Phlp5 分子量: 23770.955 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 55-285 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: Q40960

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	3	2D 1H-15N HSQC
1	2	3	3D HNCO
1	3	3	3D HN(CA)CB
1	4	3	3D HBHA(CO)NH
1	5	1	4D (H)CCH NOESY
1	6	3	4D HCNH NOESY
1	7	1	3D HNCO

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using a combination of NOE and residual dipolar coupling data.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	溶媒系
1	93% H2O/7% D2O
2	93% H2O/7% D2O
3	93% H2O/7% D2O

試料状態

イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 297 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	900	3

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR NIH / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	Protein chi angle constraints total count: 98 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 98 / Protein psi angle constraints total count: 98
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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