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- PDB-2m4h: Solution structure of the Core Domain (10-76) of the Feline Calic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m4h
タイトルSolution structure of the Core Domain (10-76) of the Feline Calicivirus VPg protein
要素Feline Calicivirus VPg protein
キーワードVIRAL PROTEIN / NS5 / VPg
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...calicivirin / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #110 / : / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #110 / : / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Feline calicivirus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kwok, R.N. / Leen, E.N. / Birtley, J.R. / Prater, S.N. / Simpson, P.J. / Curry, S. / Matthews, S. / Marchant, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structures of the Compact Helical Core Domains of Feline Calicivirus and Murine Norovirus VPg Proteins.
著者: Leen, E.N. / Kwok, K.Y. / Birtley, J.R. / Simpson, P.J. / Subba-Reddy, C.V. / Chaudhry, Y. / Sosnovtsev, S.V. / Green, K.Y. / Prater, S.N. / Tong, M. / Young, J.C. / Chung, L.M. / Marchant, J. ...著者: Leen, E.N. / Kwok, K.Y. / Birtley, J.R. / Simpson, P.J. / Subba-Reddy, C.V. / Chaudhry, Y. / Sosnovtsev, S.V. / Green, K.Y. / Prater, S.N. / Tong, M. / Young, J.C. / Chung, L.M. / Marchant, J. / Roberts, L.O. / Kao, C.C. / Matthews, S. / Goodfellow, I.G. / Curry, S.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Structure summary
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Feline Calicivirus VPg protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3631
ポリマ－8,3631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Feline Calicivirus VPg protein


分子量: 8363.147 Da / 分子数: 1 / 断片: Core Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Feline calicivirus (ウイルス) / 株: F9 / 遺伝子: ORF1, VPg / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P27409

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HBHA(CBCACO)NH
1613D 1H-15N NOESY
2723D (H)CCH-TOCSY
2823D 1H-13C NOESY
2922D 1H-13C HSQC aromatic
21022D 1H-13C HSQC aliphatic
31132D 1H-15N HSQC
11213D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1100-200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] FCV VPg 7-76, 300 mM sodium chloride, 20 mM HEPES, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2100-200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] FCV VPg 7-76, 300 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 20 mM HEPES, 100% D2O100% D2O
3100-200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] FCV VPg 7-76, 300 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 20 mM HEPES, 15 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
uMFCV VPg 7-76-1[U-99% 13C; U-99% 15N]100-2001
300 mMsodium chloride-21
20 mMHEPES-31
1 mMsodium azide-41
uMFCV VPg 7-76-5[U-99% 13C; U-99% 15N]100-2002
300 mMsodium chloride-62
1 mMsodium azide-72
20 mMHEPES-82
uMFCV VPg 7-76-9[U-99% 13C; U-99% 15N]100-2003
300 mMsodium chloride-103
1 mMsodium azide-113
20 mMHEPES-123
15 mg/mLPf1 phage-133
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
13007ambient 283 K
23007ambient 283 K
33007Ambient 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
MARSZweckstetter et al., 2004chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1172 / NOE intraresidue total count: 373 / NOE long range total count: 144 / NOE medium range total count: 153 / NOE sequential total count: 197
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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