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- PDB-2m4g: Solution structure of the Core Domain (11-85) of the Murine Norov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m4g
タイトルSolution structure of the Core Domain (11-85) of the Murine Norovirus VPg protein
要素Murine Norovirus VPg protein
キーワードVIRAL PROTEIN / VPg / NS5
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #70 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #70 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Helix non-globular / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Leen, E.N. / Kwok, R. / Birtley, J.R. / Prater, S.N. / Simpson, P.J. / Matthews, S. / Marchant, J. / Curry, S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structures of the Compact Helical Core Domains of Feline Calicivirus and Murine Norovirus VPg Proteins.
著者: Leen, E.N. / Kwok, K.Y. / Birtley, J.R. / Simpson, P.J. / Subba-Reddy, C.V. / Chaudhry, Y. / Sosnovtsev, S.V. / Green, K.Y. / Prater, S.N. / Tong, M. / Young, J.C. / Chung, L.M. / Marchant, J. ...著者: Leen, E.N. / Kwok, K.Y. / Birtley, J.R. / Simpson, P.J. / Subba-Reddy, C.V. / Chaudhry, Y. / Sosnovtsev, S.V. / Green, K.Y. / Prater, S.N. / Tong, M. / Young, J.C. / Chung, L.M. / Marchant, J. / Roberts, L.O. / Kao, C.C. / Matthews, S. / Goodfellow, I.G. / Curry, S.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Murine Norovirus VPg protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8771
ポリマ－8,8771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Murine Norovirus VPg protein


分子量: 8876.777 Da / 分子数: 1 / 断片: Core Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
遺伝子: VPg / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q80J95

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2223D (H)CCH-TOCSY
2322D 1H-13C HSQC aliphatic
2423D (H)CCH-TOCSY
2522D 1H-13C HSQC aromatic
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCO
1913D HN(CA)CO
11013D H(CC)(CO)NH
11113D (H)C(CCO)NH
21223D (HB)CB(CGCD)HD
21323D (HB)CB(CGCDCE)HE
11413D HBHA(CBCACO)NH
21523D 1H-13C NOESY
11613D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1590 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] MNV VPg 11-85, 50 mM sodium phosphate, 300 mM Sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2710 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] MNV VPg 11-85, 360 mM sodium chloride, 0.001 w/v sodium azide, 1 mM DTT, 60 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
590 uMMNV VPg 11-85-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
300 mMSodium chloride-31
1 mMDTT-41
710 uMMNV VPg 11-85-5[U-98% 13C; U-98% 15N]2
360 mMsodium chloride-62
0.001 w/vsodium azide-72
1 mMDTT-82
60 mMsodium phosphate-92
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
13006.5ambient 303 K
23606.5Ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
MARSZweckstetter et al., 2004chemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1176 / NOE intraresidue total count: 262 / NOE long range total count: 110 / NOE medium range total count: 140 / NOE sequential total count: 106
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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