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万見
- PDB-2m49: Structural Insights into Human S100B and Basic Fibroblast Growth ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m49
タイトルStructural Insights into Human S100B and Basic Fibroblast Growth Factor (FGF2) Interaction
要素
  • Fibroblast growth factor 2
  • Protein S100-B
キーワードCYTOKINE/METAL BINDING PROTEIN / S100B / FGF2 / CYTOKINE-METAL BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / chemokine binding / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / adaptive thermogenesis / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / sympathetic neuron projection extension / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of stem cell differentiation / Formation of the nephric duct / positive regulation of epithelial tube formation / receptor-receptor interaction / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / hyaluronan catabolic process / inner ear auditory receptor cell differentiation / glial cell differentiation / negative regulation of wound healing / stem cell development / RAGE receptor binding / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / embryonic morphogenesis / fibroblast growth factor receptor binding / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland epithelial cell differentiation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / paracrine signaling / negative regulation of fibroblast migration / cell migration involved in sprouting angiogenesis / S100 protein binding / embryo development ending in birth or egg hatching / endothelial cell proliferation / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Syndecan interactions / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR3 / positive regulation of neuroblast proliferation / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / PI-3K cascade:FGFR1 / regulation of neuronal synaptic plasticity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / positive regulation of cell division / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Non-integrin membrane-ECM interactions / PI3K Cascade / neuroblast proliferation / response to axon injury / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / negative regulation of stem cell proliferation / Nuclear signaling by ERBB4 / FRS-mediated FGFR3 signaling / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling
類似検索 - 分子機能
Protein S100-B / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain ...Protein S100-B / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein S100-B / Fibroblast growth factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Gupta, A.A. / Yu, C.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the interaction of human S100B and basic fibroblast growth factor (FGF2): Effects on FGFR1 receptor signaling
著者: Gupta, A.A. / Chou, R.H. / Li, H. / Yang, L.W. / Yu, C.
履歴
登録2013年2月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 2
B: Protein S100-B
D: Protein S100-B
C: Fibroblast growth factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0374
ポリマ－50,0374
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 2 / FGF-2 / Basic fibroblast growth factor / bFGF / Heparin-binding growth factor 2 / HBGF-2


分子量: 14422.525 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 161-286 / 変異: C211S, C229S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09038
#2: タンパク質 Protein S100-B / S-100 protein beta chain / S-100 protein subunit beta / S100 calcium-binding protein B


分子量: 10595.841 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04271

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Human S100B and Basic Fibroblast Growth Factor (FGF2) Interaction
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HNCO
1513D HCACO
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CA)CB

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試料調製

詳細内容: 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100B-1, 20 mM TRIS-2, 50 mM ammonium sulfate-3, 5 mM calcium chloride-4, 5 mM DTT-5, 0.01 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMS100B-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMTRIS-21
50 mMammonium sulfate-31
5 mMcalcium chloride-41
5 mMDTT-51
0.01 %sodium azide-61
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ3.2Variancollection
VnmrJ3.2Varian解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
HADDOCKAlexandre Bonvin構造決定
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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