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万見
- PDB-2m48: Solution Structure of IBR-RING2 Tandem Domain from Parkin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m48
タイトルSolution Structure of IBR-RING2 Tandem Domain from Parkin
要素E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE PARKIN
キーワードLIGASE / Parkin / RING / IBR / E3 ligase / Zn-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of compound eye pigmentation / positive regulation of locomotor rhythm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Josephin domain DUBs / sperm mitochondrion organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / larval locomotory behavior / Aggrephagy / positive regulation of neuronal action potential / type 2 mitophagy ...positive regulation of compound eye pigmentation / positive regulation of locomotor rhythm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Josephin domain DUBs / sperm mitochondrion organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / larval locomotory behavior / Aggrephagy / positive regulation of neuronal action potential / type 2 mitophagy / negative regulation of mitochondrial fusion / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of mitophagy / positive regulation of autophagy of mitochondrion / regulation of cellular response to oxidative stress / mitochondrial fission / regulation of mitochondrion organization / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of JNK cascade / oogenesis / positive regulation of mitochondrial fission / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / mitophagy / protein autoubiquitination / adult locomotory behavior / mitochondrion organization / neuron cellular homeostasis / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase RBR family / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain ...E3 ubiquitin ligase RBR family / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin / E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 11
データ登録者Noh, Y.J. / Mercier, P. / Spratt, D.E. / Shaw, G.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: A molecular explanation for the recessive nature of parkin-linked Parkinson's disease.
著者: Spratt, D.E. / Julio Martinez-Torres, R. / Noh, Y.J. / Mercier, P. / Manczyk, N. / Barber, K.R. / Aguirre, J.D. / Burchell, L. / Purkiss, A. / Walden, H. / Shaw, G.S.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE PARKIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7225
ポリマ－15,4611
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE PARKIN


分子量: 15460.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
解説: modified to have TEV site / 遺伝子: CG10523, park / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95TI4, UniProt: Q7KTX7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D 1H-15N NOESY
1433D (H)CCH-TOCSY
1533D 1H-13C NOESY aliphatic
1633D 1H-13C NOESY aromatic
1723D HNCA
1823D HCACO
1923D HN(CA)CB
11023D CBCA(CO)NH
11123D HNCO
11223D HNHA
11323D C(CO)NH
11423D 1H-13C NOESY aliphatic
11532D (HB)CB(CGCD)HD
11632D (HB)CB(CGCDCE)HE
11723D HNHB
11832D 1H-13C HSQC aromatic
11923D H(CCO)NH
12033D 13C TOCSY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 500 uM [U-98% 15N] SD01679p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
225 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 500 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] SD01679p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
325 mM TRIS, 150 mM sodium chloride-, 5 mM DTT, 500 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] SD01679p, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMTRIS-11
150 mMsodium chloride-21
5 mMDTT-31
500 uMentity_1-4[U-98% 15N]1
25 mMTRIS-52
150 mMsodium chloride-62
5 mMDTT-72
500 uMentity_1-8[U-98% 13C; U-98% 15N]2
25 mMTRIS-93
150 mMsodium chloride-103
5 mMDTT-113
500 uMentity_1-12[U-98% 13C; U-98% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVarian VnmrJ 2.2DVariancollection
NMRPipe2011.084.20.33Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawVer 5.7 Rev 2011.084.20.33Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView8.2.33 with Java 1.6.0_31Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView8.2.33 with Java 1.6.0_31Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView8.2.33 with Java 1.6.0_31Johnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.33Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSTALOSPlusCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Procheck3.5.4Laskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thoデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: with explicit solvent and full electrostatics
NMR constraintsNOE constraints total: 1204 / NOE intraresidue total count: 360 / NOE long range total count: 328 / NOE medium range total count: 115 / NOE sequential total count: 353 / Protein chi angle constraints total count: 321 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 49 / Protein psi angle constraints total count: 49
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 7.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.7 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.04 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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