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万見
- PDB-2m33: Solution NMR structure of full-length oxidized microsomal rabbit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m33
タイトルSolution NMR structure of full-length oxidized microsomal rabbit cytochrome b5
要素Cytochrome b5
キーワードELECTRON TRANSPORT / membrane protein / heme / HADDOCK
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain ...: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Subramanian, V. / Ahuja, S. / Popovych, N. / Huang, R. / Le Clair, S.V. / Jahr, N. / Soong, R. / Xu, J. / Yamamoto, K. / Nanga, R.P. ...Subramanian, V. / Ahuja, S. / Popovych, N. / Huang, R. / Le Clair, S.V. / Jahr, N. / Soong, R. / Xu, J. / Yamamoto, K. / Nanga, R.P. / Im, S. / Waskell, L. / Ramamoorthy, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of full-length mammalian cytochrome b5
著者: Ahuja, S. / Subramanian, V. / Popovych, N. / Huang, R. / Le Clair, S.V. / Jahr, N. / Soong, R. / Xu, J. / Yamamoto, K. / Nanga, R.P. / Im, S. / Waskell, L. / Ramamoorthy, A.
履歴
登録2013年1月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9872
ポリマ－15,3701
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome b5


分子量: 15370.223 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYB5A, CYB5 / プラスミド: pSC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00169
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H NOESY
1423D HNCO
1523D HNCA
1623D HN(CA)CB
1723D HN(CO)CA
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D 1H-13C NOESY
11113D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
145 mM [U-2H] DPC, 5 w/v glycerol, 100 mM potassium phosphate, 0.001 mM DSS, 0.1-0.5 mM [U-13C; U-15N] Cytochrome b5 full-length, 0.1-0.5 mM heme, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
245 mM [U-2H] DPC, 5 w/v glycerol, 100 mM potassium phosphate, 0.001 mM DSS, 0.1-0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Cytochrome b5 full-length, 0.1-0.5 mM heme, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
345 mM [U-2H] DPC, 5 w/v glycerol, 100 mM potassium phosphate, 0.001 mM DSS, 0.1-0.5 mM Cytochrome b5 full-length, 0.1-0.5 mM heme, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
45 mMDPC-1[U-2H]1
5 w/vglycerol-21
90 %H2O-31
10 %D2O-4[U-2H]1
100 mMpotassium phosphate-51
0.001 mMDSS-61
mMCytochrome b5 full-length-7[U-13C; U-15N]0.1-0.51
mMheme-80.1-0.51
45 mMDPC-9[U-2H]2
5 w/vglycerol-102
90 %H2O-112
10 %D2O-12[U-2H]2
100 mMpotassium phosphate-132
0.001 mMDSS-142
mMCytochrome b5 full-length-15[U-13C; U-15N; U-2H]0.1-0.52
mMheme-160.1-0.52
45 mMDPC-17[U-2H]3
5 w/vglycerol-183
90 %H2O-193
10 %D2O-20[U-2H]3
100 mMpotassium phosphate-213
0.001 mMDSS-223
mMCytochrome b5 full-length-230.1-0.53
mMheme-240.1-0.53
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1787 / NOE intraresidue total count: 377 / NOE long range total count: 485 / NOE medium range total count: 412 / NOE sequential total count: 513
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 23 / Maximum lower distance constraint violation: 0.12 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.18 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.32 Å / Distance rms dev error: 0.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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