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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m2q | ||||||
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タイトル | Solution structure of MCh-1: A novel inhibitor cystine knot peptide from Momordica charantia | ||||||
要素 | Inhibitor cystine knot peptide MCh-1 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / cystine knot / disulfide-rich peptides / MCh-1 / oxidative refolding / selective reduction | ||||||
機能・相同性 | Inhibitor cystine knot peptide MCh-1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Momordica charantia (ゴーヤ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | He, W. / Chan, L. / Clark, R.J. / Tang, J. / Zeng, G. / Franco, O.L. / Cantacessi, C. / Craik, D.J. / Daly, N.L. / Tan, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Novel Inhibitor Cystine Knot Peptides from Momordica charantia. 著者: He, W.J. / Chan, L.Y. / Clark, R.J. / Tang, J. / Zeng, G.Z. / Franco, O.L. / Cantacessi, C. / Craik, D.J. / Daly, N.L. / Tan, N.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m2q.cif.gz | 156 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m2q.ent.gz | 130.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m2q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2m2q_validation.pdf.gz | 439.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2m2q_full_validation.pdf.gz | 528.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2m2q_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2m2q_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/2m2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/2m2q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3030.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: V5IRT8*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: Solution structure of MCh-1 using NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 3 mM MCh, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 3 mM / 構成要素: MCh-1-1 |
試料状態 | pH: 5 / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker ARX / 製造業者: Bruker / モデル: ARX / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 417 / NOE intraresidue total count: 81 / NOE long range total count: 121 / NOE medium range total count: 61 / NOE sequential total count: 154 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |