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万見
- PDB-2m24: NMR solution structure of the d3'-hairpin including the exon bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m24
タイトルNMR solution structure of the d3'-hairpin including the exon binding site 1 (EBS1) of the group II intron Sc.ai5gamma
要素RNA (29-MER)
キーワードRNA / group II intron / ribozyme / splicing / EBS1 / hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kruschel, D. / Skilandat, M. / Sigel, R.K.O.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: NMR structure of the 5' splice site in the group IIB intron Sc.ai5 gamma--conformational requirements for exon-intron recognition.
著者: Kruschel, D. / Skilandat, M. / Sigel, R.K.
履歴
登録2012年12月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年3月12日Group: Database references
置き換え2014年4月16日ID: 2K63
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3021
ポリマ－9,3021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9301.547 Da / 分子数: 1 / 断片: d3'EBS1 / 変異: A15C, A17C / 由来タイプ: 合成
詳細: the sequence was produced by in-vitro transcription from a synthetic dsDNA template using T7 RNA-polymerase
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
2422D 1H-1H NOESY
2522D 1H-1H NOESY
3632D 1H-13C HSQC aliphatic
3732D 1H-13C HSQC aromatic
2832D 1H-15N HSQC
3942D 1H-13C HSQC aliphatic
31042D 1H-13C HSQC aromatic
21132D JNN HNN COSY
41212D 1H-1H NOESY
31312D 1H-1H NOESY
11411D 31P
11562D 1H-1H NOESY
11652D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-1.2 mM RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
20.4-1.2 mM RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 25.6 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
60.6 mM [3',4',5',5'',5, 100% 2H] RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMRNA (29-MER)-10.4-1.21
10 mMpotassium chloride-21
10 uMEDTA-31
mMRNA (29-MER)-40.4-1.22
10 mMpotassium chloride-52
10 uMEDTA-62
0.7 mMRNA (29-MER)-7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMpotassium chloride-83
10 uMEDTA-93
0.7 mMRNA (29-MER)-10[U-100% 13C; U-100% 15N]4
10 mMpotassium chloride-114
10 uMEDTA-124
25.6 mg/mLPf1 phage-134
0.7 mMRNA (29-MER)-14[U-100% 13C; U-100% 15N]5
10 mMpotassium chloride-155
10 uMEDTA-165
0.6 mMRNA (29-MER)-17[3',4',5',5'',5, 100% 2H]6
10 mMpotassium chloride-186
10 uMEDTA-196
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 6.8 ambient 293 K
210 6.8 ambient 278 K
310 6.8 ambient 298 K
410 6.8 ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3, 2.0, 2.1Bruker Biospincollection
TopSpin1.3, 2.0, 2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardデータ解析
Sparky3.1Goddardpeak picking
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrichデータ解析
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 28 / NA beta-angle constraints total count: 16 / NA chi-angle constraints total count: 29 / NA delta-angle constraints total count: 16 / NA epsilon-angle constraints total count: 16 / NA gamma-angle constraints total count: 16 / NA other-angle constraints total count: 27 / NA sugar pucker constraints total count: 48 / NOE constraints total: 511 / NOE intraresidue total count: 176 / NOE sequential total count: 250 / Hydrogen bond constraints total count: 45
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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