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万見
- PDB-2m1k: Interaction of Human S100A6 (C3S) with V domain of Receptor for A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m1k
タイトルInteraction of Human S100A6 (C3S) with V domain of Receptor for Advanced Glycation End products (RAGE)
要素
  • Advanced glycosylation end product-specific receptor
  • Protein S100-A6
キーワードPROTEIN BINDING / S100A6 C3S / RAGE V / heterotetrameric / HADDOCK model
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of blood circulation / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of endothelin production / regulation of T cell mediated cytotoxicity / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / monoatomic ion transmembrane transporter activity ...regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of blood circulation / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of endothelin production / regulation of T cell mediated cytotoxicity / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / monoatomic ion transmembrane transporter activity / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / scavenger receptor activity / induction of positive chemotaxis / transcytosis / protein localization to membrane / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of spontaneous synaptic transmission / laminin receptor activity / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of interleukin-10 production / tropomyosin binding / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / transport across blood-brain barrier / negative regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of chemokine production / ruffle / positive regulation of interleukin-12 production / axonogenesis / positive regulation of interleukin-1 beta production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of synaptic plasticity / cytoplasmic side of plasma membrane / fibrillar center / response to wounding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / calcium-dependent protein binding / positive regulation of interleukin-6 production / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of fibroblast proliferation / cell junction / nuclear envelope / signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / postsynapse / collagen-containing extracellular matrix / molecular adaptor activity / learning or memory / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / response to hypoxia / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / calcium ion binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain ...Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein S100-A6 / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gupta, A.A. / Yu, C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Interaction of the S100A6 mutant (C3S) with the V domain of the receptor for advanced glycation end products (RAGE).
著者: Mohan, S.K. / Gupta, A.A. / Yu, C.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein S100-A6
D: Protein S100-A6
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
C: Advanced glycosylation end product-specific receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7894
ポリマ－42,7894
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A6 / Calcyclin / Growth factor-inducible protein 2A9 / MLN 4 / Prolactin receptor-associated protein / ...Calcyclin / Growth factor-inducible protein 2A9 / MLN 4 / Prolactin receptor-associated protein / PRA / S100 calcium-binding protein A6


分子量: 10177.664 Da / 分子数: 2 / 変異: C3S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACY, S100A6 / プラスミド: pET(20b)+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06703
#2: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 11217.007 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 23-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / プラスミド: pET(15b)+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15109

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Interaction of Human S100A6 (C3S) with V domain of Receptor for Advanced Glycation End products
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HCACO

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100A6 C3S, 20 mM TRIS, 10 mM Calcium chloride, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMS100A6 C3S-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMTRIS-21
10 mMCalcium chloride-31
0.01 %sodium azide-41
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.3Variancollection
VnmrJ2.3Varian解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
HADDOCKAlexandre Bonvin構造決定
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: HADDOCK STARTING STRUCTURES ARE PDB ENTRIES 1K9K AND 2E5E. MODELS 1-10 ARE SUPERIMPOSED, WHILE MODELS 11-20 ARE SUPERIMPOSED IN A DIFFERENT ORIENTATION.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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