PDB-2m1f: NMR Structure of Antiamoebin I (peptaibol antibiotic) bound to DM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m1f

タイトル

NMR Structure of Antiamoebin I (peptaibol antibiotic) bound to DMPC/DHPC bicelles

要素

Antiamoebin I

キーワード

ANTIBIOTIC / membrane-active / peptaibol

機能・相同性

Antiamoebin 1 / :

機能・相同性情報

生物種

Emericellopsis minima (菌類)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Shenkarev, Z.O. / Paramonov, A.S. / Gizatullina, A.K.

引用

ジャーナル: Chem.Biodivers. / 年: 2013
タイトル: Peptaibol antiamoebin I: spatial structure, backbone dynamics, interaction with bicelles and lipid-protein nanodiscs, and pore formation in context of barrel-stave model.
著者: Shenkarev, Z.O. / Paramonov, A.S. / Lyukmanova, E.N. / Gizatullina, A.K. / Zhuravleva, A.V. / Tagaev, A.A. / Yakimenko, Z.A. / Telezhinskaya, I.N. / Kirpichnikov, M.P. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S.

履歴

登録	2012年11月27日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m1f.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m1f.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/2m1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/2m1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dlz 1ih9 1joh 1ob4 1ob6 1ob7 1r9u
類似構造データ	1ob6-1 1r9u-d 4g14-d 2y3k-2 1pi8-d 1pi7-d 2y3k-4 2y3k-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18861

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antiamoebin I

1.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Antiamoebin I タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1654.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: ANTIAMOEBIN I IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0) 由来: (天然) Emericellopsis minima (菌類) / 参照: NOR: NOR00945, Antiamoebin 1
構成要素の詳細	ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ANTIAMOEBIN I IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D HNCA
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D HNHA
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic

-
試料調製

詳細

内容: 120 mM DHPC, 30 mM DMPC, 7.5 mM acetic acid, 2.5 mM sodium acetate, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ANTIAMOEBIN I, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
120 mM	DHPC-1		1
30 mM	DMPC-2		1
7.5 mM	acetic acid-3		1
2.5 mM	sodium acetate-4		1
1 mM	ANTIAMOEBIN I-5	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1

試料状態

pH: 5.1 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	データ解析
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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