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万見
- PDB-2m1f: NMR Structure of Antiamoebin I (peptaibol antibiotic) bound to DM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m1f
タイトルNMR Structure of Antiamoebin I (peptaibol antibiotic) bound to DMPC/DHPC bicelles
要素Antiamoebin I
キーワードANTIBIOTIC / membrane-active / peptaibol
機能・相同性Antiamoebin 1 / :
機能・相同性情報
生物種Emericellopsis minima (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Shenkarev, Z.O. / Paramonov, A.S. / Gizatullina, A.K.
引用ジャーナル: Chem.Biodivers. / 年: 2013
タイトル: Peptaibol antiamoebin I: spatial structure, backbone dynamics, interaction with bicelles and lipid-protein nanodiscs, and pore formation in context of barrel-stave model.
著者: Shenkarev, Z.O. / Paramonov, A.S. / Lyukmanova, E.N. / Gizatullina, A.K. / Zhuravleva, A.V. / Tagaev, A.A. / Yakimenko, Z.A. / Telezhinskaya, I.N. / Kirpichnikov, M.P. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2012年11月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antiamoebin I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6551
ポリマ－1,6551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antiamoebin I


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1654.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ANTIAMOEBIN I IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (天然) Emericellopsis minima (菌類) / 参照: NOR: NOR00945, Antiamoebin 1
構成要素の詳細ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ANTIAMOEBIN I IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HNHA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細内容: 120 mM DHPC, 30 mM DMPC, 7.5 mM acetic acid, 2.5 mM sodium acetate, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ANTIAMOEBIN I, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
120 mMDHPC-11
30 mMDMPC-21
7.5 mMacetic acid-31
2.5 mMsodium acetate-41
1 mMANTIAMOEBIN I-5[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態pH: 5.1 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TOPSPINBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
MolmolKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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