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- PDB-2m1c: HADDOCK structure of GtYybT PAS Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m1c
タイトルHADDOCK structure of GtYybT PAS Homodimer
要素DHH subfamily 1 protein
キーワードHYDROLASE / PAS domain / YybT / ligand binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-di-AMP phosphodiesterase / cyclic-di-AMP phosphodiesterase activity / nucleic acid binding / hydrolase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP/PdeA / : / Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP-like, PAS domain / : / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / diguanylate cyclase ...Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP/PdeA / : / Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP-like, PAS domain / : / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
手法溶液NMR
Model detailstop 4 structures from haddock webserver, model1
データ登録者Liang, Z.X. / Pervushin, K. / Tan, E. / Rao, F. / Pasunooti, S. / Soehano, I. / Lescar, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Solution Structure of the PAS Domain of a Thermophilic YybT Protein Homolog Reveals a Potential Ligand-binding Site.
著者: Tan, E. / Rao, F. / Pasunooti, S. / Pham, T.H. / Soehano, I. / Turner, M.S. / Liew, C.W. / Lescar, J. / Pervushin, K. / Liang, Z.X.
履歴
登録2012年11月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHH subfamily 1 protein
B: DHH subfamily 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4192
ポリマ－26,4192
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 200Top 4 structures from HADDOCK webserver
代表モデルモデル #1top 4 structures from haddock webserver

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要素

#1: タンパク質 DHH subfamily 1 protein


分子量: 13209.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: DHH subfamily 1, GTNG_3419 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4ITV2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N TROSY-HSQC
1212D 13C HMQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D 15N-separated NOESY
11013D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PAS domain of DHH subfamily 1 protein, 50mM phosphate buffer NA; 95% H2O, 5% D2O, pH 6.5, 200mM NaCl, 1x protease inhibitor
溶媒系: 50mM phosphate buffer NA; 95% H2O, 5% D2O, pH 6.5, 200mM NaCl, 1x protease inhibitor
試料濃度: 0.7 mM / 構成要素: PAS domain of DHH subfamily 1 protein-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 50mM NaP, pH 6.5, 200mM NaCl / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A.T. et.al.精密化
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
精密化ソフトェア番号: 1 / 詳細: H2O SOLVATED DOCKING
NMR constraintsHydrogen bond constraints total count: 112
代表構造選択基準: top 4 structures from haddock webserver
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Top 4 structures from HADDOCK webserver
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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