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万見
- PDB-2m08: The solution structure of NmPin, the parvuline of Nitrosopumilus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m08
タイトルThe solution structure of NmPin, the parvuline of Nitrosopumilus maritimus
要素PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / parvulin / archaeal / membrane / Thaumarchaeota / sdPar
機能・相同性PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Roll / Alpha Beta / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
機能・相同性情報
生物種Nitrosopumilus maritimus (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lederer, C. / Bayer, P.
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2016
タイトル: NmPin from the marine thaumarchaeote Nitrosopumilus maritimus is an active membrane associated prolyl isomerase.
著者: Hoppstock, L. / Trusch, F. / Lederer, C. / van West, P. / Koenneke, M. / Bayer, P.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1981
ポリマ－10,1981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 10197.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nitrosopumilus maritimus (古細菌) / 株: SCM1 / 遺伝子: nmar0942, Nmar_0942 / プラスミド: pET41 (a-c) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9A2C7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H COSY
1512D 1H-1H NOESY
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CA)CB
1823D (H)CCH-TOCSY
1923D (H)CCH-COSY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 2 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 2 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2 uMDSS-3[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMentity-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
2 uMDSS-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 301.5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Ultrashield / 製造業者: Bruker / モデル: Ultrashield / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
CCPN2.1CCPNchemical shift assignment
CCPN2.1CCPNchemical shift calculation
CCPN2.1CCPNpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1846 / NOE intraresidue total count: 252 / NOE long range total count: 740 / NOE medium range total count: 1106 / NOE sequential total count: 436
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 1.079 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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