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万見
- PDB-2m05: Structure of module 2 from the E1 domain of C. elegans APL-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m05
タイトルStructure of module 2 from the E1 domain of C. elegans APL-1
要素Beta-amyloid-like protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Apl-1 / Amyloid Precursor Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysis, collagen and cuticulin-based cuticle / G alpha (q) signalling events / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Platelet degranulation / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / body morphogenesis / nematode larval development / transition metal ion binding ...ecdysis, collagen and cuticulin-based cuticle / G alpha (q) signalling events / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Platelet degranulation / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / body morphogenesis / nematode larval development / transition metal ion binding / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / cytoplasmic vesicle / early endosome / neuron projection / neuronal cell body / membrane
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Dna Ligase; domain 1 / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Hinds, M.G. / Leong, S.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2013
タイトル: Quantification of copper binding to amyloid precursor protein domain 2 and its Caenorhabditis elegans ortholog. Implications for biological function.
著者: Leong, S.L. / Young, T.R. / Barnham, K.J. / Wedd, A.G. / Hinds, M.G. / Xiao, Z. / Cappai, R.
履歴
登録2012年10月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22014年1月1日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-amyloid-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4281
ポリマ－7,4281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Beta-amyloid-like protein


分子量: 7428.443 Da / 分子数: 1 / 断片: module 2 of E1 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: apl-1, C42D8.8 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q10651

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HNCO
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D C(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11112D 1H-1H NOESY
11213D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM APL-1, 0.5 mM [U-100% 15N] APL-1, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] APL-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMAPL-1-11
0.5 mMAPL-1-2[U-100% 15N]1
0.5 mMAPL-1-3[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker AGcollection
XEASYBartels et al.データ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1056 / NOE intraresidue total count: 402 / NOE long range total count: 322 / NOE medium range total count: 102 / NOE sequential total count: 230 / Protein phi angle constraints total count: 51 / Protein psi angle constraints total count: 51
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.024 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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