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万見
- PDB-2lz6: Distinct ubiquitin binding modes exhibited by sh3 domains: molecu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lz6
タイトルDistinct ubiquitin binding modes exhibited by sh3 domains: molecular determinants and functional implications
要素
  • CD2-associated protein
  • Ubiquitin
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotrophin signaling pathway / response to glial cell derived neurotrophic factor / regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / transforming growth factor beta1 production / localization of cell / Rab protein signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / vascular endothelial growth factor receptor binding / slit diaphragm ...neurotrophin signaling pathway / response to glial cell derived neurotrophic factor / regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / transforming growth factor beta1 production / localization of cell / Rab protein signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / vascular endothelial growth factor receptor binding / slit diaphragm / response to transforming growth factor beta / vesicle organization / podocyte differentiation / immunological synapse formation / endothelium development / nerve growth factor signaling pathway / collateral sprouting / protein heterooligomerization / cell-cell adhesion mediated by cadherin / renal albumin absorption / membrane organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / glomerulus development / filopodium assembly / cell-cell junction organization / podosome / clathrin binding / maintenance of blood-brain barrier / nuclear envelope lumen / D-glucose import / cell leading edge / filamentous actin / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / endocytic vesicle / centriolar satellite / protein secretion / lymph node development / adipose tissue development / stress-activated MAPK cascade / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / ruffle / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB4 signaling / actin filament polymerization / ERK1 and ERK2 cascade / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / Regulation of PTEN localization / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / liver development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / kidney development / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy
類似検索 - 分子機能
CD2-associated protein, first SH3 domain / CD2-associated protein, second SH3 domain / CD2-associated protein, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH3 domain / : / SH3 type barrels. ...CD2-associated protein, first SH3 domain / CD2-associated protein, second SH3 domain / CD2-associated protein, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH3 domain / : / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / CD2-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ortega-Roldan, J. / Azuaga, A. / Blackledge, M. / Van Nuland, N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Distinct Ubiquitin Binding Modes Exhibited by SH3 Domains: Molecular Determinants and Functional Implications.
著者: Ortega Roldan, J.L. / Casares, S. / Ringkjbing Jensen, M. / Cardenes, N. / Bravo, J. / Blackledge, M. / Azuaga, A.I. / van Nuland, N.A.
履歴
登録2012年9月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: CD2-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7242
ポリマ－15,7242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#2: タンパク質 CD2-associated protein / Mesenchyme-to-epithelium transition protein with SH3 domains 1 / METS-1


分子量: 7146.910 Da / 分子数: 1 / Fragment: SH3 3 DOMAIN RESIDUES 270-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd2ap, Mets1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JLQ0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1233D HNCO JNH, JCC, JCH, JCAHA
1343D HNCO JNH, JCC, JCH, JCAHA
1453D HNCO JNH, JCC, JCH, JCAHA
1562D 1H-15N HSQC FILTERED DIPSAP
1622D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1 mM Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.25 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 1 mM CD2AP SH3-C, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 0.46 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.828 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1.37 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.78 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1.75 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1.75 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMCD2AP SH3-C-1[U-99% 15N]1
1 mMUbiquitin-21
0.25 mMUbiquitin-3[U-99% 15N]2
1 mMCD2AP SH3-C-42
0.9 mMCD2AP SH3-C-5[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.46 mMUbiquitin-6[U-99% 15N]3
0.828 mMCD2AP SH3-C-7[U-99% 13C; U-99% 15N]4
1.37 mMUbiquitin-8[U-99% 15N]4
0.78 mMCD2AP SH3-C-9[U-99% 13C; U-99% 15N]5
1.75 mMUbiquitin-10[U-99% 15N]5
0.25 mMCD2AP SH3-C-11[U-99% 13C; U-99% 15N]6
1.75 mMUbiquitin-12[U-99% 15N]6
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
VARIAN UNIFORM NMR SYSTEMVarianUniform NMR System6001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
CNS/SCULPTORBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS/SCULPTORBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRViewJohnson, One Moon Scientific構造決定
HADDOCKAlexandre Bonvin構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DOCKING
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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