PDB-2lyx: NMR structure of the protein NP_390345.1 from Bacilus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lyx

タイトル

NMR structure of the protein NP_390345.1 from Bacilus subtilis

要素

Uncharacterized protein yqzG

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PF13028 / DUF3889 / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

Protein of unknown function DUF3889 / Protein of unknown function DUF3889 / Protein of unknown function (DUF3889) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein YqzG

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Proudfoot, A. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the protein NP_390345.1 from Bacilus subtilis
著者: Proudfoot, A. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2012年9月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lyx.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lyx.ent.gz	973.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lyx_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lyx_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2lyx_validation.xml.gz	227 KB	表示
CIF形式データ	2lyx_validation.cif.gz	168.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2nnr-2 2mm9-d 2nnr-1 2mmp-d 3fvj-d 4yxk-1 2vpd-1 1xtn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18732 TargetTrack: JCSG-416558

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein yqzG

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	35 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein yqzG 分子量: 10332.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yqzG, BSU24650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32019

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	APSY 4D-HACANH
1	6	1	APSY 5D-CBCA(CO)NH
1	7	1	APSY 5D-(HA)CA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 20 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.2 mM	entity-1	[U-98% 13C; U-98% 15N]	1
50 mM	sodium chloride-2		1
20 mM	sodium phosphate-3		1
5 mM	sodium azide-4		1
20 mM	calcium chloride-5		1

試料状態

イオン強度: 0.22 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert P.	精密化
OPALp	Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich	精密化
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
UNIO	Herrmann and Wuthrich	chemical shift assignment
UNIO	Herrmann and Wuthrich	構造決定

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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新型コロナ情報

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