PDB-2lyi: Repetitive domain (RP) of aciniform spidroin 1 from Nephila antip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lyi

タイトル

Repetitive domain (RP) of aciniform spidroin 1 from Nephila antipodiana

要素

PROTEIN (entity)

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN

機能・相同性

Spidroin, repetitive domain / Spidroin, repetitive domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PROTEIN (entity)

機能・相同性情報

生物種

Nephila antipodiana (クモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Wang, S. / Huang, W. / Yang, D.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2012
タイトル: NMR structure note: repetitive domain of aciniform spidroin 1 from Nephila antipodiana
著者: Wang, S. / Huang, W. / Yang, D.

履歴

登録	2012年9月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lyi.cif.gz	516 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lyi.ent.gz	432.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lyi_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lyi_full_validation.pdf.gz	588.7 KB	表示
XML形式データ	2lyi_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	2lyi_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6kxt-d 2cou-d 5kjz-d 1dmz-d 2gjh-d 3d0w-1 6qjy-d 1k2n-d 2ysr-d 1b34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18726

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (entity)

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	PROTEIN (entity) 分子量: 17079.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nephila antipodiana (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1E1E5*PLUS
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	3D HNCA
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	4D time shared 13C/15N-edited NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM [U-100% 13C; U-100% 15N]AcSp1-RP-1, 95%H2O/5%D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: AcSp1-RP-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRspy		Yu Zheng, Daiwen Yang	chemical shift assignment
TopSpin		Bruker Biospin	collection
CYANA			精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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