[日本語] English
万見
- PDB-2lxu: Solution NMR Structure of the eukaryotic RNA recognition motif, R... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lxu
タイトルSolution NMR Structure of the eukaryotic RNA recognition motif, RRM1, from the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8614A
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(U) RNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding ...poly(U) RNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Pederson, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. ...Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Pederson, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the eukaryotic RNA recognition motif, RRM1, from the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8614A
著者: Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Pederson, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2012年8月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1691
ポリマ－12,1691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H / hnRNP H / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H / N-terminally processed


分子量: 12168.548 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPH1, HNRPH, HNRPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: P31943

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-15N NOESY
1913D C(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11233D (H)CCH-TOCSY
11333D NUS 1H-13C NOESY aliphatic
11412D 1H-15N HSQC NH2 only
11534D 13C-13C-HMQC-NOESY-HMQC
11611D T1 Nhsqc array
11711D T2 Nhsqc array
11822D 1H-15N HSQC
11922D 1H-13C HSQC aliphatic
12012D 1H-13C HSQC arom CT
12112D 1H-13C HSQC arom noCT
12222D 1H-15N HSQC His
12322D 1H-15N heteronuclear NOE interleaved

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8614A.007, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [biosynthetically directed-5% 13C; U-100% 15N] HR8614A.008, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8614A.007, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMHR8614A.007-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
100 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
10 mMDTT-51
50 uMDSS-61
0.8 mMHR8614A.008-7[biosynthetically directed-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES-82
100 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
50 uMDSS-122
1.0 mMHR8614A.007-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES-143
100 mMsodium chloride-153
5 mMcalcium chloride-163
10 mMDTT-173
50 uMDSS-183
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNScns_solve_1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNScns_solve_1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNScns_solve_1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructureASDP-1.0Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructureASDP-1.0Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
NMRPipeNMRPipe-201109Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin2.1.4 and 3.1Bruker Biospincollection
VnmrJ1.1 DVariancollection
PINEPINE Server v.2.0Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
TALOS+1.2009.0721.18Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESpales_linux 2000PALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
PSVS1.4Bhattacharya, Montelionestructure validation
FMCGUIfmcgui_2.5_linuxLemak, Gutmanas, Chitayat, Karra, Fares, Sunnerhagan, and Arrowsmith構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT IN EXPLICIT WATER
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る