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万見
- PDB-2lxt: Allosteric communication in the KIX domain proceeds through dynam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lxt
タイトルAllosteric communication in the KIX domain proceeds through dynamic re-packing of the hydrophobic core
要素
  • CREB-binding protein
  • Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1
  • Histone-lysine N-methyltransferase MLL
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / CREB binding protein / mixed-lineage leukemia activation domain / phosphorylated kinase inducible domain / CREB / ternary complex / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis to arachidonate / positive regulation of membrane depolarization / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / lung saccule development / response to dehydroepiandrosterone / cAMP response element binding / response to hypobaric hypoxia / secretory granule organization ...chemotaxis to arachidonate / positive regulation of membrane depolarization / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / lung saccule development / response to dehydroepiandrosterone / cAMP response element binding / response to hypobaric hypoxia / secretory granule organization / positive regulation of cardiac muscle tissue development / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / regulation of glial cell proliferation / PKA-mediated phosphorylation of CREB / CREB phosphorylation / pituitary gland development / regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / AKT phosphorylates targets in the nucleus / regulation of testosterone biosynthetic process / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / response to purine-containing compound / histone H3K4 trimethyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / hormone secretion / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / positive regulation of hormone secretion / positive regulation of multicellular organism growth / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / arrestin family protein binding / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of osteoclast differentiation / definitive hemopoiesis / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular response to fatty acid / MRF binding / histone H3K4 methyltransferase activity / MECP2 regulates transcription factors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / response to L-glutamate / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / response to glucagon / anterior/posterior pattern specification / embryonic hemopoiesis / T-helper 2 cell differentiation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TRAF6 mediated IRF7 activation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / response to morphine / protein-lysine-acetyltransferase activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / protein acetylation / histone acetyltransferase binding / homeostatic process / regulation of cell size / Notch-HLH transcription pathway / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / cellular response to zinc ion / type I pneumocyte differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / exploration behavior / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / histone methyltransferase complex / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding
類似検索 - 分子機能
cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain / bZIP transcription factor / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 ...cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain / bZIP transcription factor / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Basic-leucine zipper domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1 / Histone-lysine N-methyltransferase 2A / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Bruschweiler, S. / Schanda, P. / Konrat, R. / Tollinger, M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Allosteric communication in the KIX domain proceeds through dynamic repacking of the hydrophobic core.
著者: Bruschweiler, S. / Konrat, R. / Tollinger, M.
履歴
登録2012年8月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: Histone-lysine N-methyltransferase MLL
C: Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3593
ポリマ－16,3593
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 10353.856 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 587-673 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase MLL / ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Lysine N-methyltransferase 2A / KMT2A / Trithorax-like ...ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Lysine N-methyltransferase 2A / KMT2A / Trithorax-like protein / Zinc finger protein HRX / MLL cleavage product N320 / N-terminal cleavage product of 320 kDa / p320 / MLL cleavage product C180 / C-terminal cleavage product of 180 kDa / p180


分子量: 2061.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2840-2858 / Mutation: C841A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLL, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, KMT2A, MLL1, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03164, histone-lysine N-methyltransferase
#3: タンパク質・ペプチド Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1 / CREB-1 / cAMP-responsive element-binding protein 1


分子量: 3944.288 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 116-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16220
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CO)CA
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 2 mM entity_2-2, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_3-3, 25 mM sodium chloride-4, 50 mM potassium phosphate-5, 1 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mMentity_2-21
2 mMentity_3-3[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMsodium chloride-41
50 mMpotassium phosphate-51
1 mMsodium azide-61
試料状態pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 934 / NOE intraresidue total count: 475 / NOE long range total count: 100 / NOE medium range total count: 92 / NOE sequential total count: 267
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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