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万見
- PDB-2lvw: Solution NMR studies of the dimeric regulatory subunit IlvN of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lvw
タイトルSolution NMR studies of the dimeric regulatory subunit IlvN of the E.coli Acetohydroxyacid synthase I (AHAS I)
要素Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
キーワードTRANSFERASE / AHAS / Regulatory subunit / ACT domain / IlvN / Valine / Branched chain amino acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase regulator activity / acetolactate synthase / acetolactate synthase complex / branched-chain amino acid biosynthetic process / acetolactate synthase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, small subunit / AHAS, ACT domain / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Karanth, M.N. / Sarma, S.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: The coil-to-helix transition in IlvN regulates the allosteric control of Escherichia coli acetohydroxyacid synthase I
著者: Karanth, N.M. / Sarma, S.P.
履歴
登録2012年7月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5262
ポリマ－22,5262
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit / Acetohydroxy-acid synthase I small subunit / AHAS-I / ALS-I


分子量: 11262.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b3670, ilvN, JW3645 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADF8, acetolactate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCA
1423D HN(CO)CA
1523D trHNCACB
1623D trCBCA(CO)NH
1723D HNCO
1823D HBHA(CO)NH
1923D (H)CCH-COSY
11023D (H)CCH-TOCSY
11122D (HB)CB(CGCD)HD
11222D (HB)CB(CGCDCE)HE
11322D tr 1H-13C HSQC (AROMATIC)
11413D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4mM [U-98% 15N] IlvN-1, 20mM potassium phosphate-2, 20mM sodium chloride-3, 1mM EDTA-4, 0.01% sodium azide-5, 5mM L-Valine-6, 90% H2O-7, 10% D2O-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4mM [U-98% 13C; U-98% 15N] IlvN-9, 20mM potassium phosphate-10, 20mM sodium chloride-11, 1mM EDTA-12, 0.01% sodium azide-13, 5mM L-Valine-14, 90% H2O-15, 10% D2O-16, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMIlvN-1[U-98% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
20 mMsodium chloride-31
1 mMEDTA-41
0.01 %sodium azide-51
5 mML-Valine-61
90 %H2O-71
10 %D2O-81
0.4 mMIlvN-9[U-98% 13C; U-98% 15N]2
20 mMpotassium phosphate-102
20 mMsodium chloride-112
1 mMEDTA-122
0.01 %sodium azide-132
5 mML-Valine-142
90 %H2O-152
10 %D2O-162
試料状態pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ANSIGKraulisデータ解析
XwinNMRBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2770 / NOE intraresidue total count: 1292 / NOE long range total count: 463 / NOE medium range total count: 312 / NOE sequential total count: 665 / Hydrogen bond constraints total count: 144 / Protein phi angle constraints total count: 180 / Protein psi angle constraints total count: 184
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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