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万見
- PDB-2lul: Solution NMR Structure of PH Domain of Tyrosine-protein kinase Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lul
タイトルSolution NMR Structure of PH Domain of Tyrosine-protein kinase Tec from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR3504C
要素Tyrosine-protein kinase Tec
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue regeneration / regulation of platelet activation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / integrin-mediated signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity ...tissue regeneration / regulation of platelet activation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / integrin-mediated signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / phospholipid binding / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / cytoskeleton / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Tec, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase Tec, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase Tec
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Hamilton, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Lee, H. / Pederson, K. ...Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Hamilton, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Lee, H. / Pederson, K. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of PH Domain of Tyrosine-protein kinase Tec from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR3504C
著者: Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Hamilton, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Lee, H. / Pederson, K. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T.
履歴
登録2012年6月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Tec
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5952
ポリマ－19,5301
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Tec


分子量: 19529.594 Da / 分子数: 1 / 断片: PH domain residues 1-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSCTK4, TEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK
参照: UniProt: P42680, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D C(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11122D 1H-13C HSQC
11232D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.614 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hr3504c.023, 50 uM DSS, 10 mM DTT, 50 uM ZnSO4, 0.02 % NaN3, 100 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 1 X Proteinase Inhibitors, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.828 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] hr3504c.025, 50 uM DSS, 10 mM DTT, 50 uM ZnSO4, 0.02 % NaN3, 100 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 1 X Proteinase Inhibitors, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.52 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] hr3504c.027, 50 uM DSS, 10 mM DTT, 50 uM ZnSO4, 0.02 % NaN3, 100 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 1 X Proteinase Inhibitors, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.614 mMhr3504c.023-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS-21
10 mMDTT-31
50 uMZnSO4-41
0.02 %NaN3-51
100 mMNaCL-61
20 mMMES pH 6.5-71
1 %Proteinase Inhibitors-81
10 %D2O-91
0.828 mMhr3504c.025-10[U-5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS-112
10 mMDTT-122
50 uMZnSO4-132
0.02 %NaN3-142
100 mMNaCL-152
20 mMMES pH 6.5-162
1 %Proteinase Inhibitors-172
10 %D2O-182
0.52 mMhr3504c.027-19[U-5% 13C; U-100% 15N]3
50 uMDSS-203
10 mMDTT-213
50 uMZnSO4-223
0.02 %NaN3-233
100 mMNaCL-243
20 mMMES pH 6.5-253
1 %Proteinase Inhibitors-263
10 %D2O-273
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinデータ収集
VnmrJVarianデータ収集
SparkyGoddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
REDCATValafar, Prestegardgeometry optimization
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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