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- PDB-2lug: Solution NMR structure of a S72-S107 peptide of 18.5kDa murine my... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lug
タイトルSolution NMR structure of a S72-S107 peptide of 18.5kDa murine myelin basic protein (MBP) in association with dodecylphosphocholine micelles
要素Myelin basic protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / intrinsically disordered proteins / dodecylphosphocholine micelles / myelin membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


compact myelin / structural constituent of myelin sheath / internode region of axon / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / membrane organization / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / maintenance of blood-brain barrier / myelination / cell periphery / cell projection ...compact myelin / structural constituent of myelin sheath / internode region of axon / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / membrane organization / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / maintenance of blood-brain barrier / myelination / cell periphery / cell projection / sensory perception of sound / positive regulation of interleukin-6 production / response to toxic substance / myelin sheath / MAPK cascade / protease binding / calmodulin binding / neuronal cell body / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Myelin basic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ahmed, M.A.M. / De Avila, M. / Polverini, E. / Bessonov, K. / Bamm, V.V. / Harauz, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Solution Nuclear Magnetic Resonance Structure and Molecular Dynamics Simulations of a Murine 18.5 kDa Myelin Basic Protein Segment (S72-S107) in Association with Dodecylphosphocholine Micelles.
著者: Ahmed, M.A. / De Avila, M. / Polverini, E. / Bessonov, K. / Bamm, V.V. / Harauz, G.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myelin basic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9771
ポリマ－3,9771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Myelin basic protein


分子量: 3977.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mbp / プラスミド: pET-SUMO vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6VME3, UniProt: P04370*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CO
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HACAN
1713D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1.47 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S72-S107 MBP peptide, 50 mM potassium phosphate, 100 mM Deuterated Dodecylphosphocholine, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.47 mMS72-S107 MBP peptide-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
100 mMDodecylphosphocholine-3Deuterated1
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxbackbone phi/psi torsion angle prediction
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CS-ROSETTAShen, Lange, Delaglio, Rossi, Aramini, Liu, Eletsky, Wu, Singarapu, Lemak, ... and Bax構造決定
CS-ROSETTAShen, Lange, Delaglio, Rossi, Aramini, Liu, Eletsky, Wu, Singarapu, Lemak, ... and Bax精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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